| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,671,699 | G→C | 5.3% | T21T (ACG→ACC) | nuoN → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,671,699 | 0 | G | C | 5.3% | 897.1 / 27.4 | 264 | T21T (ACG→ACC) | nuoN | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/107); new base C (8/6); total (151/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TCGACACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACAA > NC_002947/4671550‑4671848 | cGACACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACgg < 1:8930746/150‑1 (MQ=255) acacCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtg < 1:8382866/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtg < 1:5416757/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtg < 1:3725907/150‑1 (MQ=255) gccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGAt < 1:2034003/150‑1 (MQ=255) gccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGAt < 1:2806352/150‑1 (MQ=255) ccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATg > 1:1072255/1‑150 (MQ=255) ccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCAGCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATg > 1:978184/1‑150 (MQ=255) gccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCt > 2:7589400/1‑150 (MQ=255) caccaTGTGTGTTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTgg < 1:1421208/150‑1 (MQ=255) caccaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTgg < 1:3800457/150‑1 (MQ=255) caccaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTgg < 1:4698831/150‑1 (MQ=255) caccaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATGGGCGCCGATGCTGACCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTgg < 2:6160318/150‑1 (MQ=255) aTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGAt > 1:295237/1‑150 (MQ=255) aTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGAt > 2:6951404/1‑150 (MQ=255) tGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATc < 2:3679565/150‑1 (MQ=255) gtggtgTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCCCTCACCTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACCCTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGcc < 2:2604693/150‑1 (MQ=255) gtggtgTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCCGATCGCCAGCATCACCACCACCGTGGTGATGGTGGTGATcagc < 1:6822203/150‑4 (MQ=37) 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aTCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGa > 1:617346/1‑150 (MQ=255) ccGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGAcc > 1:6875634/1‑150 (MQ=255) gCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCtt > 1:3532538/1‑150 (MQ=255) gCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCtt > 2:3674271/1‑150 (MQ=255) cTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTc < 2:295237/150‑1 (MQ=255) 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> 2:5184689/1‑150 (MQ=255) tCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGTTGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAAGCACTCGCAGAGCTTCCTGCTGTCCAcc > 2:8259728/1‑150 (MQ=255) tCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCAcc > 1:6682140/1‑150 (MQ=255) tCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCAcc > 2:6391177/1‑150 (MQ=255) cGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCg > 1:5139564/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGt > 2:6939356/1‑150 (MQ=255) 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tCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTcg > 1:1018996/1‑150 (MQ=255) cGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTcgc < 1:7735131/150‑1 (MQ=255) cGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTcgc < 2:7723136/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTg > 2:6254843/1‑150 (MQ=255) ccGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCg < 1:8589962/150‑1 (MQ=255) ccGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCg < 1:3994289/150‑1 (MQ=255) aTGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTc > 1:6395737/1‑150 (MQ=255) ggcgATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTcac > 1:8895205/4‑150 (MQ=255) gATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATc < 2:1785230/150‑1 (MQ=255) tCACCACCATCACCCCGGGGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGc < 1:4868209/150‑1 (MQ=255) cgccagcaTCACCACCACCGTGGTGATGGTGGTGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCt > 2:4509463/3‑150 (MQ=38) cgccagcaTCACCACCACCGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCt > 1:6584316/3‑150 (MQ=255) caccacCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCt < 2:1147216/150‑1 (MQ=255) caccacCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCt < 1:8851691/150‑1 (MQ=255) caccacCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCt < 2:4206919/150‑1 (MQ=255) accaccATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTg > 1:8839805/1‑150 (MQ=255) acagcaTCACCACCACCGTGGTGATGGTGGTGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGAGGGCCTGAACCTGGCCCAGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCAGGCGCTCACATCGCTGa > 2:5932678/5‑150 (MQ=255) ccaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCa > 1:789706/1‑150 (MQ=255) tCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCa > 2:8401709/1‑150 (MQ=255) accacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATc > 1:5777561/1‑150 (MQ=255) ccacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCg < 1:501147/150‑1 (MQ=255) | TCGACACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACAA > NC_002947/4671550‑4671848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |