| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,675,517 | G→C | 5.3% | P107P (CCG→CCC) | PP_4137 → | outer membrane siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,675,517 | 0 | G | C | 5.3% | 885.8 / 28.3 | 262 | P107P (CCG→CCC) | PP_4137 | outer membrane siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/105); new base C (5/9); total (148/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AGCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTGGC > NC_002947/4675368‑4675666 | aGCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCg > 2:6849693/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCgggg < 2:2208686/150‑1 (MQ=255) aCCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCggggg < 1:4881821/150‑1 (MQ=255) aCCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCggggg < 1:5078316/150‑1 (MQ=255) aCCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCggggg < 1:5669865/150‑1 (MQ=255) tggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGgcgc > 1:6308143/1‑150 (MQ=255) tggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGgcgc > 1:1708484/1‑150 (MQ=255) tggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGgcgc > 2:1503750/1‑150 (MQ=255) ggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCa < 2:4370049/150‑1 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc < 2:8978740/150‑1 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc < 1:1503482/150‑1 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc > 2:753360/1‑150 (MQ=255) ggACATGCAGCGGGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGAGGTGCTGGCCTACGAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCTACCGTGCGCCGGGGGCGCACgg > 2:3033550/1‑150 (MQ=255) gACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGt < 1:790479/150‑1 (MQ=255) aCATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGtt < 1:1009806/150‑1 (MQ=255) aCATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGtt < 1:5580069/150‑1 (MQ=255) tGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGttgag < 2:5426319/150‑4 (MQ=255) tGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGttgag < 1:8229725/150‑4 (MQ=255) 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aGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGgtg > 2:3890111/1‑150 (MQ=255) gTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGt > 2:6412935/1‑138 (MQ=255) gTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGt < 1:6412935/138‑1 (MQ=255) ggCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCa > 1:9073211/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCAt > 2:136329/1‑150 (MQ=255) 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aTCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGaa > 2:5352257/1‑150 (MQ=255) cTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGtgctg > 1:3942402/1‑150 (MQ=255) tCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGt < 1:3719723/150‑1 (MQ=255) tCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGt > 2:3539291/1‑150 (MQ=255) aTACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGgc < 1:845769/150‑1 (MQ=255) 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gTGCGCCCCCGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGtgct > 2:6071932/1‑121 (MQ=255) | AGCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTGGC > NC_002947/4675368‑4675666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |