| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,675,518 | G→C | 5.3% | G108R (GGG→CGG) ‡ | PP_4137 → | outer membrane siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,675,518 | 0 | G | C | 5.3% | 889.1 / 28.3 | 262 | G108R (GGG→CGG) ‡ | PP_4137 | outer membrane siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/105); new base C (5/9); total (148/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTGGC > NC_002947/4675369‑4675666 | gCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCgg > 1:4710521/1‑150 (MQ=255)gCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCgg < 1:7612928/150‑1 (MQ=255) cAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCggg < 2:3102093/150‑1 (MQ=255) tggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGgcgc > 1:1708484/1‑150 (MQ=255) tggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGgcgc > 2:1503750/1‑150 (MQ=255) tggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGgcgc > 1:6308143/1‑150 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc < 2:8978740/150‑1 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc > 2:753360/1‑150 (MQ=255) 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aCATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGtt < 1:4299397/150‑1 (MQ=255) aCATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGtt < 2:6704617/150‑1 (MQ=255) aCATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGtt < 1:1009806/150‑1 (MQ=255) tGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCg > 1:5978346/1‑150 (MQ=255) tGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGttgag < 1:8229745/150‑4 (MQ=255) 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aTACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGgc < 2:6147238/150‑1 (MQ=255) aTACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGgc < 1:845769/150‑1 (MQ=255) aTACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGgc < 2:2766394/150‑1 (MQ=255) aTACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGgc < 2:1488197/150‑1 (MQ=255) aCGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGgcgc < 2:7141115/150‑1 (MQ=255) 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cGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCt < 2:4354971/150‑1 (MQ=255) gggCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCtt < 2:1708484/150‑1 (MQ=255) gggCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCtt < 2:6308143/150‑1 (MQ=255) ggCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCttt < 2:7100787/150‑1 (MQ=255) gCCTCAACCGTTCGCCGGTGGCGCAAGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGACGTTGACCGGCACGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGATGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCtttt > 2:2477838/1‑149 (MQ=255) tCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGAcc > 1:3882110/1‑150 (MQ=255) ggaaCCGTGCGCCCCCGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGAcc > 1:6822831/3‑150 (MQ=255) ccGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAgg > 2:7456511/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCCCCCGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGc > 2:4088339/1‑150 (MQ=255) gTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCt > 1:4966069/1‑150 (MQ=255) cGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTgg < 1:7027113/150‑1 (MQ=255) | GCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTGGC > NC_002947/4675369‑4675666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |