| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,677,303 | T→G | 6.7% | intergenic (+34/+70) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,677,303 | 0 | T | G | 6.7% | 459.7 / 17.7 | 156 | intergenic (+34/+70) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/103); new base G (3/8); total (45/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGA > NC_002947/4677155‑4677452 | gcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGa > 2:5941091/1‑150 (MQ=255) gcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGa < 1:1625976/150‑1 (MQ=255) cTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGaa < 2:8687288/150‑1 (MQ=255) 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ccGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGc > 2:3176978/1‑135 (MQ=255) ccGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGc < 1:3176978/135‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 2:849896/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTACACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 2:3593297/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCATACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 1:2956708/1‑150 (MQ=255) cgcgAAGGCGCA‑TTTTAATTTGCCGACGCTTTCGGGGTTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcgc < 1:4858554/150‑1 (MQ=255) gcgAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcgcg > 1:9163192/1‑150 (MQ=255) gcgAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcgcg > 1:8026123/1‑150 (MQ=255) gAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTc > 1:2750368/1‑150 (MQ=255) aTGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCtt < 2:6775621/150‑1 (MQ=255) 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GCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGA > NC_002947/4677155‑4677452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |