Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,863,150 | 0 | A | T | 8.5% | 541.2 / 5.7 | 221 | intergenic (‑134/+103) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (120/70); new base T (8/12); total (136/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGAC > NC_002947/4863001‑4863291 | gggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGa < 2:6452845/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGAt < 2:411699/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGAt < 1:2254990/150‑1 (MQ=255) 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tCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTggg > 1:3386492/1‑150 (MQ=255) tCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTggg > 1:6250696/1‑150 (MQ=255) cacaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAgg < 1:2877530/112‑1 (MQ=255) cacaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAgg > 2:2877530/1‑112 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:7671517/1‑150 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:8291531/1‑150 (MQ=255) aGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAgcgc > 2:885040/1‑150 (MQ=255) gggCGTCACATGCCCTAGGGG‑GGTTTTGTCCCTTTAGGAGCGGTTTAACCCGCGATGTGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCa < 1:6822529/150‑1 (MQ=255) gTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACACGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGgc > 1:1878261/1‑150 (MQ=38) caggCCCTTGGGG‑GGTTTTTTACCTGTTGGTGGGGTTTTACCCGCGAAGTGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTc < 1:8241344/147‑1 (MQ=255) aTGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCg > 2:1509588/1‑150 (MQ=255) cccTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAAc > 1:6538641/1‑150 (MQ=255) ccTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACt > 2:7496089/1‑150 (MQ=255) ccTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACt > 2:6168601/1‑150 (MQ=255) gggg‑ggTGCGGTCCCTGTCGGCGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTcgac < 2:4847087/150‑1 (MQ=38) gggC‑GGTGATTTACCTGTAGGAGAGGGTTTACCCGAGAAGAGGCCGGCACAGGCAACTACGATACCAGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGACTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTccac > 2:1966984/1‑150 (MQ=39) | GGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGAC > NC_002947/4863001‑4863291 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |