| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 4,863,151 | 0 | T | C | 8.9% | 622.4 / 34.9 | 216 | intergenic (‑135/+102) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (127/64); new base C (5/14); total (136/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.88e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTG > NC_002947/4863002‑4863300 | ggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGAt < 2:538603/150‑1 (MQ=255)ggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGAt < 2:411699/150‑1 (MQ=255) tttCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCTAGGGC‑GGGGATGt > 1:4434709/1‑150 (MQ=255) 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acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:3381607/1‑150 (MQ=255) aGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAgcgc > 2:885140/1‑150 (MQ=255) gggCGTCACATGCCCTAGGGG‑GGTTTTGTCCCTTTAGGAGCGGTTTAACCCGCGATGTGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCa < 1:6822529/150‑1 (MQ=255) gggCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCa > 1:8194928/1‑150 (MQ=255) gTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACACGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGgc > 1:1878261/1‑150 (MQ=38) 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tGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTg > 2:9086533/1‑150 (MQ=255) | GGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTG > NC_002947/4863002‑4863300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |