Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,863,153 | 0 | T | C | 9.2% | 637.6 / 36.8 | 220 | intergenic (‑137/+100) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (135/62); new base C (5/15); total (141/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-02 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGG > NC_002947/4863004‑4863301 | tttCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCTAGGGC‑GGGGATGt > 1:4434709/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTAc < 2:8434926/150‑1 (MQ=255) tCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTAc < 1:3798055/150‑1 (MQ=255) 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tGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTg > 2:9086533/1‑150 (MQ=255) | TTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGC‑GTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGG > NC_002947/4863004‑4863301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |