Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,043,170 | T→A | 5.7% | intergenic (+178/‑484) | PP_5680 → / → PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,043,170 | 0 | T | A | 5.7% | 797.4 / 23.9 | 246 | intergenic (+178/‑484) | PP_5680/PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (118/114); new base A (10/4); total (128/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CTTGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGC > NC_002947/5043021‑5043318 | ttGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTa > 2:5299779/1‑150 (MQ=255) ttGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTa > 2:2054325/1‑150 (MQ=255) ttGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTa > 2:6073345/1‑150 (MQ=255) 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gagGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGc < 2:5023113/150‑1 (MQ=255) gTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTcc < 2:6125979/150‑1 (MQ=255) tAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCa < 2:1406152/150‑1 (MQ=255) tAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCa < 1:209099/150‑1 (MQ=255) ggATAGCCTAAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAACACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTc < 2:7373548/150‑1 (MQ=255) 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aGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGAc < 1:6137311/150‑1 (MQ=255) aTGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGc > 1:2556934/1‑150 (MQ=255) tggctctTC‑TCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGATGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCt > 1:1171975/4‑150 (MQ=38) ccTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGa < 1:5864064/150‑1 (MQ=255) ctctTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTGATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGTCGCTAGCCGAGTCCAACCAAGTCTATTTTTCGACCGGGCCTGAc > 2:4199723/1‑150 (MQ=255) ctctTC‑TCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGATGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTAATTTTCGACCTGGCCTGAc > 1:5664243/1‑150 (MQ=38) tctTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGAcc > 2:7754699/1‑150 (MQ=255) tcttctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGA‑TAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCg > 1:3518979/6‑150 (MQ=255) ttCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGc > 2:874887/1‑150 (MQ=255) ttctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGA‑TAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTCCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCa > 2:1787303/4‑150 (MQ=255) cATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAg < 1:2049014/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGt > 1:3376765/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGt > 2:8550290/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTa < 1:6654984/150‑1 (MQ=255) cGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTAttttt < 2:5540231/128‑1 (MQ=255) 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ttAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGc > 2:277207/1‑150 (MQ=255) ttAAGACCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGc > 2:8772145/1‑150 (MQ=255) | CTTGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGC > NC_002947/5043021‑5043318 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |