| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,043,172 | A→G | 5.8% | intergenic (+180/‑482) | PP_5680 → / → PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,043,172 | 0 | A | G | 5.8% | 766.3 / 22.2 | 239 | intergenic (+180/‑482) | PP_5680/PP_4447 | Cro/CI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/112); new base G (10/4); total (123/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGCTA > NC_002947/5043023‑5043320 | tGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTaa < 2:2372580/150‑1 (MQ=255)tGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTaa < 1:6141500/150‑1 (MQ=255) tCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccg > 2:3238961/1‑150 (MQ=255) tCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccg > 1:8493868/1‑150 (MQ=255) tCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccg > 2:6040205/1‑150 (MQ=255) cacaCCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCccgcc > 2:765416/1‑150 (MQ=255) cacCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCga < 2:8474870/150‑1 (MQ=255) acCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCgat < 1:8245728/150‑2 (MQ=255) 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tcttctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGA‑TAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCg > 1:3518979/6‑150 (MQ=255) ttCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGc > 2:874887/1‑150 (MQ=255) ttctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGATGAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTGATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGc > 2:7832639/4‑150 (MQ=255) ttctCGGCGGGCTTAAGGCGCGCCGA‑TAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTCCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCa > 2:1787303/4‑150 (MQ=255) cATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAg < 1:2049014/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGt > 1:3376765/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGt > 2:8550290/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTa < 1:6654984/150‑1 (MQ=255) cGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTAttttt > 1:5540231/1‑128 (MQ=255) cGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTAttttt < 2:5540231/128‑1 (MQ=255) ggCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTaga > 2:6742013/1‑150 (MQ=255) cgcgcCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGc < 1:5625994/150‑1 (MQ=255) ccTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCgtgt < 1:7065952/150‑1 (MQ=255) ccTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCgtgt > 1:7622583/1‑150 (MQ=255) cTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGtgtg < 1:2249178/150‑1 (MQ=255) ttAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGc > 2:277207/1‑150 (MQ=255) ttAAGACCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGc > 2:8772145/1‑150 (MQ=255) | TGTACTCCACACCCAGTCTCACATCTGACCCTGTCAGCGACGCTAATGACGGTGTTGATCCACAGAGGGTTAGGGATAGCCTTAAGGCGTAATTGTCTGATACCAACACCTCTGCGATGAGGACATGACCTCTTCATCGGCGCGCCTTAAGCCCGCCGA‑GAAGAGCCAGAGACCCCGAGCAAGACCCCTAACCGCCTTATGGCGGTTTCTCTGCCTCCCAGTCTGCTGCGAAGGCCGATAGCCGAGTCCAACCAATTCTATTTTTCGACCTGGCCTGACCGCAGTAGAGCGTGTGCTA > NC_002947/5043023‑5043320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |