| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,270,449 | A→G | 13.3% | V355V (GTA→GTG) | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,270,449 | 0 | A | G | 13.3% | 912.1 / 102.8 | 347 | V355V (GTA→GTG) | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (132/168); new base G (26/20); total (159/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
ACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTT > NC_002947/5270300‑5270598 | cccAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTAc < 1:1812281/150‑1 (MQ=255) cccAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTAc > 1:2929139/1‑150 (MQ=255) gagCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTggg > 1:6420945/1‑150 (MQ=255) 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2:1954247/3‑148 (MQ=255) tctgcCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTggc < 1:3316004/149‑1 (MQ=255) tgcCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCgg > 2:8903075/1‑150 (MQ=255) gcCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCt > 2:3175066/1‑135 (MQ=255) tCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGc < 1:1396246/150‑1 (MQ=255) cATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCt > 2:1618855/1‑150 (MQ=255) 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gTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGc > 2:5217907/1‑150 (MQ=255) gTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGc > 2:3116124/1‑150 (MQ=255) gTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGc < 2:4801020/150‑1 (MQ=255) gTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGAGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGc < 2:8112206/150‑1 (MQ=255) tGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCa < 2:7280576/150‑1 (MQ=255) gccgccGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATc < 2:4779383/150‑1 (MQ=255) gccgccGTACCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATc < 1:6157461/150‑1 (MQ=255) gcagTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTCTCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCg > 2:1772769/4‑150 (MQ=255) gTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGAtt < 1:5175346/150‑1 (MQ=255) gCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGc < 1:7186453/150‑1 (MQ=255) ccTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGcc < 1:7950346/150‑1 (MQ=255) ccTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGAATGcc > 2:7036640/1‑150 (MQ=255) tACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGc < 2:6420945/150‑1 (MQ=255) cGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGa < 2:3337664/150‑1 (MQ=255) aCTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCtt < 2:2006002/150‑1 (MQ=255) | ACCCAGAGCGCGTTCGCCCAGAACGTCGGCCTGGTGGCCGTGACCGGGGTCAAGAGCCGCTACGTGGTGGCTACGGGCGGCGTGATTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTT > NC_002947/5270300‑5270598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |