| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,270,534 | G→A | 23.4% | V384I (GTC→ATC) | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,270,534 | 0 | G | A | 23.4% | 628.7 / 201.6 | 333 | V384I (GTC→ATC) | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/140); new base A (41/37); total (156/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAACCTG > NC_002947/5270385‑5270683 | tggtggTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCa > 1:4079208/1‑150 (MQ=255) gtggtACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTAACCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAAc < 2:4787494/150‑1 (MQ=255) tACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGa < 1:8357997/150‑1 (MQ=255) aCTCGGTCTTCTGCCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGat > 1:1110305/1‑150 (MQ=255) aCTCGGTCTTCTGCCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGAGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGat > 2:3036681/1‑150 (MQ=255) cTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatc < 2:7161641/150‑1 (MQ=255) tCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGatca > 2:1685019/1‑150 (MQ=255) ggtcttctgcCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGatcatt > 1:2900881/7‑149 (MQ=255) gtcttctgcCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGatcattg < 1:6151208/145‑3 (MQ=255) tcttctgcCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCAttgt < 1:9123171/146‑1 (MQ=255) ttGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCTGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCAtcgtc < 2:1987419/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCAtcgtc < 1:4325108/150‑1 (MQ=255) tctgcCTGTAATGGGACGGGTGATTGCCTGTGTTCCGCCAGCAGTGCTGGGTGGTGCCGGTATCGTGCTGTTCGGAACGGTTGCCGCAAGCGGCATCCGCACACTTTCAAAGGTCGACTATCAGAACAACATCAATCTGATCATTGTggc < 1:5287770/149‑1 (MQ=255) 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aCAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATcc > 2:6323860/1‑150 (MQ=255) tcaGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCCGCTGCATTGATGGCAATcgc > 1:7320221/3‑148 (MQ=255) cAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCct < 1:600646/150‑1 (MQ=255) cAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCct > 2:7708633/1‑150 (MQ=255) aaGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctg < 1:7036640/150‑1 (MQ=255) aaGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctg < 2:4079208/150‑1 (MQ=255) aGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctgc < 1:1187189/150‑1 (MQ=255) aGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctgc < 1:3718848/150‑1 (MQ=255) aGAACAACATCAATCTGATCATTGTGGCTACCTCCATCGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCAGCACCAGAATTCTACCATCAGTTCCCGGCCTGGTTTGAAACCATTTTTCATTCAGGCATCAGCTCCGCTGCATTGATGGCAATcgcgc < 1:9002270/150‑5 (MQ=255) gAACATCGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctgcg < 2:5354361/150‑2 (MQ=255) gAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctgct > 2:6065681/1‑150 (MQ=255) gAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctgct > 1:3273486/1‑150 (MQ=255) caacaacGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCctgct < 2:3292007/149‑1 (MQ=255) caacGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGaa < 1:4583184/150‑1 (MQ=255) gTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAACCTg > 1:3198181/1‑150 (MQ=255) | TTCTGGTGGTACTCGGCTTGCTGCCAGTCATGGGCCGGGTGATTGCCGCCGTGCCTACCCCGGTACTGGGCGGCGCCGGTATCGTGCTGTTCGGCACCGTGGCGGCCAGCGGTATCCGCACCCTGTCCAAGGTCAGCTACAAGAACAACGTCAACCTGATCATCGTCGCGGCCTCGCTGGGCTTCGGCATGATCCCGATTGCCGCACCGACCTTCTACCACCACTTCCCGAACTGGTTCGAGACCATCTTCCACTCCGGCATCAGCTCGGCGGCGATCATGGCCATCCTGCTGAACCTG > NC_002947/5270385‑5270683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |