| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,276,033 | C→A | 10.8% | intergenic (+85/+21) | rlmG → / ← PP_4649 | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,276,033 | 0 | C | A | 10.8% | 420.7 / 2.5 | 157 | intergenic (+85/+21) | rlmG/PP_4649 | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/53); new base A (2/19); total (85/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GTTCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCC‑GCGAACACCGGC‑AA‑C‑GCCTGTGCCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTC > NC_002947/5275885‑5276177 | gttCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCC‑GCGAACACCGGC‑AA‑C‑GCCTGTGCCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCa > 1:4815734/1‑150 (MQ=255) ttCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCTACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCC‑GCGAACACCGGC‑AA‑C‑GCCTGTGCCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCaa < 2:6083505/150‑1 (MQ=255) ttCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCC‑GCGAACACCGGC‑AA‑C‑GCCTGTGCCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCaa < 1:3874665/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |