Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,318,464 | G→A | 6.6% | T202T (ACC→ACT) ‡ | ilvC ← | ketol‑acid reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,318,464 | 0 | G | A | 6.6% | 1026.4 / 40.7 | 332 | T202T (ACC→ACT) ‡ | ilvC | ketol‑acid reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (160/149); new base A (11/11); total (171/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TTGGAGATCGAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTA > NC_002947/5318315‑5318613 | ttgGAGATCGAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACg > 1:2651287/1‑150 (MQ=255) tgGAGATCGAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACgg < 2:4441732/150‑1 (MQ=255) ggAGATCGAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGt < 1:1615930/150‑1 (MQ=255) 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aCCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGaa < 2:4191580/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGaa < 2:1376295/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGaa < 2:8672939/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTgg > 1:2608840/1‑138 (MQ=255) cAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGc < 1:6988497/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGc > 1:1495100/1‑150 (MQ=255) tCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTcc < 2:5298240/150‑1 (MQ=255) cGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCt < 1:803887/150‑1 (MQ=255) gACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTg < 2:6455293/150‑1 (MQ=255) gACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTg > 1:3977737/1‑150 (MQ=255) gACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCAACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTg > 1:389344/1‑150 (MQ=255) ggTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTa < 1:635594/150‑1 (MQ=255) | TTGGAGATCGAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTA > NC_002947/5318315‑5318613 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |