Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,318,473 | A→G | 6.6% | C199C (TGT→TGC) | ilvC ← | ketol‑acid reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,318,473 | 0 | A | G | 6.6% | 1042.9 / 38.5 | 330 | C199C (TGT→TGC) | ilvC | ketol‑acid reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (161/147); new base G (11/11); total (172/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
GAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCG > NC_002947/5318324‑5318620 | gAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCca > 1:2598492/1‑150 (MQ=255) gtagtTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCcaca < 2:7653961/150‑1 (MQ=255) gtTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGAACAACAGCACAACGAACAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAg > 1:3404231/1‑150 (MQ=255) 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cTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGc < 1:2059179/150‑1 (MQ=255) tttGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGcc < 1:6582081/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGaa < 2:8672939/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGc > 1:1495100/1‑150 (MQ=255) tCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTcc < 2:5298240/150‑1 (MQ=255) 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cGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAg > 2:7500002/1‑150 (MQ=255) ccACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCg > 1:2657587/1‑150 (MQ=255) | GAGTAGTTCATGTTGGCGATGCCGCCTTCGTACATGAGGTCTACGATCAGCTTCAGCTCGTGCAGGCACTCGAAGTAGGCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTGGCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCG > NC_002947/5318324‑5318620 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |