| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,318,551 | A→G | 5.5% | G173G (GGT→GGC) | ilvC ← | ketol‑acid reductoisomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,318,551 | 0 | A | G | 5.5% | 1003.8 / 27.5 | 310 | G173G (GGT→GGC) | ilvC | ketol‑acid reductoisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (153/140); new base G (11/6); total (164/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
GCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCAC > NC_002947/5318402‑5318700 | gCCATTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGcca > 2:4431872/1‑150 (MQ=255) ccATTTCCGGAGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGATTCGTCCTGGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGAACGGccac > 2:3985864/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGGCGCGTAGCCAGCTTCGACCAGGGTTTCGAAACCGGCTTTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGccacca < 1:8755083/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |