| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,318,599 | G→C | 5.8% | S157S (TCC→TCG) | ilvC ← | ketol‑acid reductoisomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,318,599 | 0 | G | C | 5.8% | 1024.6 / 35.5 | 303 | S157S (TCC→TCG) | ilvC | ketol‑acid reductoisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (140/145); new base C (12/6); total (152/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
TTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTGGTTGTAGTGGATCGAGAAGCC > NC_002947/5318450‑5318748 | ttGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCg < 2:8909991/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGaa < 1:1391448/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGaa < 2:4191580/150‑1 (MQ=255) 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aTAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCgg > 2:6216731/1‑150 (MQ=255) tAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGa > 1:6604191/1‑150 (MQ=255) ggcatgaGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGa < 1:7004714/144‑1 (MQ=255) aGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGaa < 2:3977737/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGaacaac < 1:5831919/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGaacaac < 1:3429521/150‑1 (MQ=255) aGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAAcc < 2:5281164/150‑1 (MQ=255) aGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAAcc > 2:306449/1‑150 (MQ=255) tGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTg > 1:7394963/1‑150 (MQ=255) gACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCa > 2:7162118/1‑113 (MQ=255) 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ccGGAAGCGTCCGGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGCTGCCGCCGCCTGTGCCGAACTCGGAGCGACCGGTGGGGCCCGGCGCTTGCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTGGGGGGAGTGGATCGAGAAg > 2:2883370/1‑150 (MQ=255) cGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTGGTTGTAGTGGATCGAGAAGc > 1:2795396/1‑150 (MQ=255) | TTGACCAGCTCGACGGTACCGCCACACAGAACAGCCTGCTCACCGAACAGGTCGGTTTCGGTTTCGTCCTTGAAGGTGGTTTCGATGATACCGGTACGGCCACCACCTACGCCCGAAGCATAGGACAGTGCGACGTTCTTG‑GCGTTGCCGGAAGCGTCCTGGTAGATAGCGATCAGGTCAGGGATGCCGCCGCCTTTGACGAACTCGGAGCGAACGGTGTGGCCCGGGGCTTTCGGCGCGATCATGATCACGTCGAGGTCGGCACGCGGAACAACCTGGTTGTAGTGGATCGAGAAGCC > NC_002947/5318450‑5318748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |