| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,346,441 | C→T | 13.9% | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,346,441 | 0 | C | T | 13.9% | 458.7 / 57.5 | 193 | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/79); new base T (19/7); total (98/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
AAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAA > NC_002947/5346294‑5346589 | aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCaa > 1:87338/1‑150 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgc < 1:8353238/150‑1 (MQ=255) gCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgcg < 2:1865045/150‑1 (MQ=255) 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gcgGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 2:7663085/1‑150 (MQ=255) gggTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCg > 2:6909262/1‑150 (MQ=255) ggTAAA‑CCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGc > 2:5960754/1‑150 (MQ=21) gTAAA‑CCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCa < 2:6235532/115‑1 (MQ=17) acccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:5151721/8‑150 (MQ=25) cccG‑‑CCTCCCCGCCACCGCGAC‑ACCCCGTAGGTGCGGGTTTACCCGCCAAGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt < 1:6075920/150‑1 (MQ=255) cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 1:3790164/1‑150 (MQ=255) ccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:1986170/6‑150 (MQ=38) ccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:6511476/6‑150 (MQ=25) ccG‑‑CCTCCCCGTCAACGGGTT‑CCCTCGTAGGAGGGGTTTTACCCGCGACGAGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 2:2614315/150‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCCGCCACGGGGTC‑ACCTGGTTGGTGGGGTTTTCCCCGCGATGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 2:3055696/150‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:2786340/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGGAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCCTGTTc > 2:5896204/1‑150 (MQ=255) cG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCg > 2:6700983/1‑150 (MQ=255) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGTGCGgta > 2:7348702/1‑150 (MQ=38) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCCGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa > 2:7079748/1‑150 (MQ=255) tACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 1:4950369/1‑150 (MQ=37) tACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:8142246/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:7680045/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGcc > 2:5020408/1‑97 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGcc < 1:5020408/97‑1 (MQ=255) cgaGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc > 2:2392549/3‑150 (MQ=38) cgaGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc > 1:4342289/3‑150 (MQ=38) cgaGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc > 1:5995614/3‑150 (MQ=38) gaGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:6402221/2‑150 (MQ=38) gaGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:6599877/2‑150 (MQ=38) cAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACAACGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 1:3304204/1‑150 (MQ=255) aGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATCTCCGCaa > 1:2849404/1‑150 (MQ=38) aGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc > 1:106118/1‑150 (MQ=255) ggCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 1:6902063/1‑150 (MQ=255) gCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCaa > 2:1519901/1‑150 (MQ=255) | AAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAA > NC_002947/5346294‑5346589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |