| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 385,478 | A→C | 6.1% | intergenic (+15/+20) | PP_0320 → / ← ltaE | methyl‑accepting chemotaxis transducer/low specificity l‑threonine aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 385,478 | 0 | A | C | 6.1% | 746.9 / 18.4 | 244 | intergenic (+15/+20) | PP_0320/ltaE | methyl‑accepting chemotaxis transducer/low specificity l‑threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (115/109); new base C (4/14); total (120/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AACCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCCG > NC_002947/385329‑385626 | aaCCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCa > 1:9126543/1‑150 (MQ=255) aCCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAc > 2:561309/1‑150 (MQ=255) aCCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAc > 2:6829239/1‑150 (MQ=255) cGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcgg < 1:2864565/150‑1 (MQ=255) ggACGGTGCAGGGGATTTCTGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggc < 1:9013787/150‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGTCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggcg < 1:1455667/150‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggcg < 2:4251682/150‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggcg > 1:8064607/1‑150 (MQ=255) gACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcggcg > 2:2647647/1‑150 (MQ=255) cGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACggcggc > 1:7823761/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCCGTGCGGcccc < 1:6944796/150‑1 (MQ=255) cAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCgg > 2:1127148/1‑150 (MQ=255) cAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCgg > 2:2152941/1‑150 (MQ=255) ggtttttCCGTTTTGGCGCGTGTGCCGGGGGGGGTGGTGCATGGGTGCCGGGTGGTGTGCCAGGCGTTGGGTGGGTTGGCTGATTACCTGGGGCGGCTTTTGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCTGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGctc < 2:485047/146‑1 (MQ=255) gggATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGctc > 1:6609032/1‑150 (MQ=255) ggATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGctct > 1:1932584/1‑150 (MQ=255) ccGATTGGGCGCGTGAGACGGGGGCGGCGGTGCATGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCTGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCa < 1:5273883/150‑1 (MQ=255) cGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAg > 2:1062494/1‑150 (MQ=255) 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gCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAg > 2:3802337/1‑150 (MQ=255) tAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgc > 1:8335995/1‑150 (MQ=255) gATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgcgc > 2:8526153/1‑150 (MQ=255) gATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGAACGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTACATCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgcgc > 1:2778494/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCa < 2:1562533/150‑1 (MQ=255) tCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCa > 1:2071559/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGAGCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCCCGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCa < 1:4561998/150‑1 (MQ=255) gccggggCCGCCGTGCGGCCCCTGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGc > 1:8559866/4‑150 (MQ=255) gCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGc > 2:1541752/1‑150 (MQ=255) ggggCCGCCGTGCGGCCCCTGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCt > 1:3449489/1‑150 (MQ=255) ggggCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCt < 1:1669558/150‑1 (MQ=255) gggCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCtt > 2:3332714/1‑150 (MQ=255) gggCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACAAGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCTAGCCCtt < 2:1932584/150‑1 (MQ=255) ggCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTg > 1:3547960/1‑150 (MQ=255) gCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGc < 2:71181/150‑1 (MQ=255) 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cGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGccc < 2:4115019/150‑1 (MQ=255) cACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCCg < 2:4460455/150‑1 (MQ=255) | AACCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCCG > NC_002947/385329‑385626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |