| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,448,259 | T→G | 15.4% | L145R (CTG→CGG) | thiE → | thiamine‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,448,259 | 0 | T | G | 15.4% | 474.8 / 15.4 | 256 | L145R (CTG→CGG) | thiE | thiamine‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (127/79); new base G (29/17); total (159/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GCTCGGCCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTC > NC_002947/5448110‑5448407 | ccGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGa < 1:1851134/150‑1 (MQ=255) aGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAgg < 1:5548730/150‑1 (MQ=255) aGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAgg > 2:3973405/1‑150 (MQ=255) ggCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGc < 2:5685099/150‑1 (MQ=255) ggCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGc < 2:6499842/150‑1 (MQ=255) gCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGcc > 2:3237045/1‑150 (MQ=255) gCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCAGCTCCAGCAGGcc > 2:2031816/1‑150 (MQ=255) cAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAGCGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGccg < 1:1004485/150‑2 (MQ=255) cAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAGCGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGccg < 1:7284291/150‑2 (MQ=255) aaTCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCGGCCAACGT‑CGCCCTGCGCGCGCCGGcccc > 2:6340188/1‑149 (MQ=255) tcatcGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCATGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCATTTGGCCGCTTCTTAAATTCTGTCACCAAGCCGGGGGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCTGGccgacg < 2:2361789/150‑5 (MQ=255) tcatcGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGCGCAGGCCcgcg > 2:3055552/1‑150 (MQ=255) tcatcGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCAGCTCGAGCAGGCCcgcg > 2:5985446/1‑150 (MQ=255) tcGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGccc > 1:8237519/1‑150 (MQ=255) tcGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGccc < 1:6746788/150‑1 (MQ=255) gCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCCgg > 2:5953349/1‑150 (MQ=255) gCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCACGAGCAGGCCCGCGCCCAgg > 2:4740906/1‑150 (MQ=255) cACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGGCTGCTCGAGCACGCCCGCCCCCCGGGGaa > 1:7029149/1‑150 (MQ=255) 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ccAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTg > 2:4818113/1‑134 (MQ=255) ccAACGT‑CGGCCTGCGCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcg > 2:3508259/1‑150 (MQ=255) cAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcgc > 2:7651804/1‑150 (MQ=255) cAACGT‑CGGCCTGCCCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcgc < 2:5742134/150‑1 (MQ=255) cAACGT‑CGGCCGGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcgc < 2:1153266/150‑1 (MQ=255) aaCGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcgcg > 1:3232924/1‑150 (MQ=255) ggcggccggcCCGCGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAg < 2:7029149/148‑1 (MQ=255) gcgggCCGGCGCGCGCCGCCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAg < 1:4788031/147‑1 (MQ=255) ggCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGaa < 2:3762967/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCTCGAGCCGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGaa < 1:7315214/150‑1 (MQ=255) ccTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGt > 1:5238540/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTc > 1:4511193/1‑150 (MQ=255) | GCTCGGCCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCCGCTGCCAACGT‑CGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTC > NC_002947/5448110‑5448407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |