| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,494,819 | C→T | 6.1% | V389V (GTG→GTA) | cobJ ← | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,494,819 | 0 | C | T | 6.1% | 984.4 / 31.9 | 312 | V389V (GTG→GTA) | cobJ | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (152/141); new base T (13/6); total (165/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
GGTGCACCTGCCTGGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTC > NC_002947/5494670‑5494968 | gTGCACCTGCCTGGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGaca > 1:4478685/1‑150 (MQ=255) cACCTGCCTGGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGAcacca < 2:425148/150‑1 (MQ=255) cctgcctgGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACaccacc < 2:3452964/150‑1 (MQ=255) ctgGGCGGCGGTTGCCATCGAGGCGGATTCCCCCGGCATGTTCTGCATGTCAACGCGATGCCTGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACAccaccgccac < 2:4173427/150‑1 (MQ=255) gcggcgGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGaa > 1:2968135/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCt > 1:846669/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCGAGGCGTATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACCCCACCGCCACCGAACGGCCTTg < 2:279519/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCATGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTACGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTgg < 2:8522532/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGCTCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTgg < 1:630232/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCCGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCAGGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGgc < 2:441650/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGgc > 2:184437/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGgc > 2:8941162/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGgc > 1:1002056/1‑150 (MQ=255) tggCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCTGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCa < 1:3303176/149‑1 (MQ=255) aGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCa > 2:4944166/1‑150 (MQ=255) gCGGAGACCCCCGGCAAGATCTGCCGGTCACCGCGATGCCCGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGt < 1:6462881/150‑1 (MQ=255) gATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCg > 2:728668/1‑150 (MQ=255) gATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCg > 1:6691003/1‑150 (MQ=255) gATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGCCCTTGGGCCGCCAGTTCg > 1:2701167/1‑150 (MQ=255) tACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGTGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGaa < 1:1183712/150‑1 (MQ=255) tACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGaa < 2:2328285/150‑1 (MQ=255) tACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGaa < 1:4764329/150‑1 (MQ=255) aCCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCCGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAg < 2:7653521/150‑1 (MQ=255) ccccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAATGc > 1:2307033/1‑150 (MQ=255) ccccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGc < 2:1191062/150‑1 (MQ=255) ccccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGc < 1:8352400/150‑1 (MQ=255) ccccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGc > 2:6447818/1‑150 (MQ=255) ccccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGc > 2:398938/1‑150 (MQ=255) ccccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGc > 1:616636/1‑150 (MQ=255) ccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCAt < 1:3547367/150‑1 (MQ=255) ccGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCAt > 1:2012456/1‑150 (MQ=255) ggCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGACCGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGt < 2:258064/150‑1 (MQ=255) aaGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCgg < 2:5562260/150‑1 (MQ=255) aaGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCgg < 2:459803/150‑1 (MQ=255) aGATCTGCAGGTCAACGCGAGGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCggg < 1:8942383/150‑1 (MQ=255) gATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGgc > 1:5603507/1‑150 (MQ=255) aTCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGgcg > 1:4919263/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGgcgcg > 2:5050082/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGgccag > 2:658025/1‑150 (MQ=255) gCGGCCTTGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGgccagcc < 1:3636953/150‑1 (MQ=255) ccATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATgc < 2:5577289/150‑1 (MQ=255) ccATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATgc > 1:7129146/1‑150 (MQ=255) cATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATgcg > 2:2768455/1‑150 (MQ=255) caaataCGCCCGGATCGCCTGACGATACCATCACCACATCACGGCCTGAAGCCGCGAGTTCAAATGCATGGCGTGCACGCTGCATTTCCTCGCGATTGTCGGTCATATGGATGATCTGGTCGTCCCGGAACGGGCCAGCCATGCGCAcat > 1:5570857/6‑148 (MQ=255) gAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTa > 1:5270167/1‑150 (MQ=255) gAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTa > 2:5003534/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAg > 1:7498353/1‑150 (MQ=255) aCGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGtt < 2:743259/150‑1 (MQ=255) 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tGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGcac > 2:759765/1‑150 (MQ=255) gacgacACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGcaca < 2:6116735/150‑1 (MQ=255) | GGTGCACCTGCCTGGGCGGCGGTTGCCAGCGAGGCGGATACCCCCGGCAAGATCTGCAGGTCAACGCGATGCCAGGTGGGGTCGCTGGATTCGTGCAATGCTTCGAGCACCGCAGCGGCCATGGCGAAAACGCCCGGGTCGCCTGACGACACCACCGCCACCGAACGGCCTTGGGCCGCCAGTTCGAAGGCATGTCGGGCGCGCTGCATCTCTTCGCGGTTGTCGGTGCAGTGCAGCACCTGGTCGCCGCGGAACGGGCCAGCCATGCGCACGTAAGTTTCGTAACCGAGCACATCTTC > NC_002947/5494670‑5494968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |