| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,576,762 | C→T | 5.3% | D169N (GAC→AAC) | motB ← | flagellar motor rotation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,576,762 | 0 | C | T | 5.3% | 1016.5 / 28.2 | 318 | D169N (GAC→AAC) | motB | flagellar motor rotation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/184); new base T (11/6); total (128/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CTCCCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTCGC > NC_002947/5576613‑5576911 | cTCCCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTc < 2:6788104/150‑1 (MQ=255)cTCCCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTc < 1:2910161/150‑1 (MQ=255)cTCCCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTc > 2:7539317/1‑150 (MQ=255)cTCCCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTc > 1:2760447/1‑150 (MQ=255) ccAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGaa > 2:6851665/1‑150 (MQ=255) cAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAAc < 2:8747612/150‑1 (MQ=255) cAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAAc < 2:7638957/150‑1 (MQ=255) aGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGaa < 2:91172/148‑1 (MQ=255) gTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCg > 2:4237912/1‑145 (MQ=255) gTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCg < 1:4237912/145‑1 (MQ=255) ttACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACAtc > 2:608035/1‑150 (MQ=255) cGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTTCGACAtcggta < 2:5759582/150‑2 (MQ=255) cGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTTCGACAtcggta < 1:3633391/150‑2 (MQ=255) tATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACAtcggtcgg > 2:5081162/1‑150 (MQ=255) tATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACAtcggtcgg > 1:5599044/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTtctc > 2:7343331/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTtctc < 2:7945215/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTtctc > 1:1177616/1‑150 (MQ=255) 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cATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCgg < 1:4627888/150‑1 (MQ=255) cagcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTtctc > 2:3230082/1‑150 (MQ=255) cagcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTtctc > 2:1684573/1‑150 (MQ=255) gATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAc < 1:9025408/150‑1 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt > 1:3852481/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt > 1:1342199/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt > 2:810805/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt > 1:8080250/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt > 1:7781978/1‑150 (MQ=255) tCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTc < 2:4457837/150‑1 (MQ=255) aaGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGc < 2:1446682/150‑1 (MQ=255) aGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCa < 1:6851665/150‑1 (MQ=255) gCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTcat > 2:6535808/1‑148 (MQ=255) gCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCt > 1:5799037/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTg > 1:5126214/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTgca < 2:1062520/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTgca < 1:6359331/150‑1 (MQ=255) gcgcgcgcTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCaa < 1:3872043/150‑1 (MQ=255) cgcgcgcTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGGAACTgcagaaca < 1:4725236/150‑5 (MQ=255) gcgcgcTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACa > 1:7563575/1‑150 (MQ=255) gcTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTc < 2:1978660/150‑1 (MQ=255) cgaCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTcc > 2:3501002/3‑150 (MQ=255) tACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCa > 1:7311462/1‑150 (MQ=255) gaCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCa > 1:3155123/2‑150 (MQ=255) aCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg > 2:8441492/1‑150 (MQ=255) aCCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg > 1:2551750/1‑150 (MQ=255) aCCGATGTCGAACATCGGTCGGGTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg < 2:3755285/150‑1 (MQ=255) | CTCCCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTCGC > NC_002947/5576613‑5576911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |