Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,576,764 | A→G | 5.0% | F168S (TTC→TCC) | motB ← | flagellar motor rotation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,576,764 | 0 | A | G | 5.0% | 1040.7 / 25.0 | 318 | F168S (TTC→TCC) | motB | flagellar motor rotation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/183); new base G (11/5); total (130/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.37e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTCGCGC > NC_002947/5576616‑5576913 | cAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAAc < 2:8747612/150‑1 (MQ=255) cAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAAc > 1:1409511/1‑150 (MQ=255) aGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGaa < 2:91172/148‑1 (MQ=255) aGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACa > 1:7657670/1‑150 (MQ=255) ccGTCTTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACAtcggt < 2:4174820/150‑1 (MQ=255) gTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCCGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACAtcggtcg > 1:3033107/1‑150 (MQ=255) gTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACAtcggtcg > 1:296134/1‑150 (MQ=255) aTTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATcggtcggt > 1:5257334/1‑150 (MQ=255) 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ggCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTcc < 2:3537171/150‑1 (MQ=255) gCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTcat > 2:6535808/1‑148 (MQ=255) tGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTgc < 1:4690308/150‑1 (MQ=255) gcgcgcgcTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCaa < 2:296134/150‑1 (MQ=255) gcTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTc < 1:4177322/150‑1 (MQ=255) cgaCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTcc > 1:7120930/3‑150 (MQ=255) tACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGACCTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCACCAGCTCCa > 2:5494906/1‑150 (MQ=255) tACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCa < 1:484241/150‑1 (MQ=255) gaCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCa > 2:7780104/2‑150 (MQ=255) gaCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCa > 2:4575114/2‑150 (MQ=255) aCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg > 2:7561861/1‑150 (MQ=255) aCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg > 2:8441492/1‑150 (MQ=255) aCCGATGTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg > 2:5533420/1‑150 (MQ=255) cGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGAc > 2:212061/1‑150 (MQ=255) gATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGAcg < 2:1815293/150‑1 (MQ=255) cGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGAcgctcgc > 2:8019231/1‑150 (MQ=255) gAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGAcgctcgcg > 1:859969/1‑150 (MQ=255) | CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTCGCGC > NC_002947/5576616‑5576913 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |