| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,683,399 | 0 | T | G | 7.8% | 301.1 / 10.8 | 121 | intergenic (‑143/+65) | PP_4986/PP_4987 | hemolysin III family channel protein/putative Chemotaxis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/46); new base G (7/4); total (71/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AATACATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGCTTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCC > NC_002947/5683250‑5683548 | aaTACATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGCTTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGgctgct < 2:131630/150‑1 (MQ=255) tACATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGCTTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCtgctgc < 1:5534861/150‑1 (MQ=255) aTGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGCTTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCa < 1:5457877/150‑1 (MQ=255) 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tttCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCAAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCg > 2:1615407/1‑150 (MQ=255) ttCTTTGCCACTGCATGAACCGCGGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGa < 2:2979780/150‑1 (MQ=255) tCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGAc > 2:400881/1‑150 (MQ=255) tttGCCACTGAATTAACCGCGGGGGCTGGTGCGAAGCCCTCTCGCTACAAAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCa < 2:6163128/149‑1 (MQ=255) ccACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTc > 1:9082285/1‑150 (MQ=255) ccACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACACCAGACCACCAGGCCCAGCGCCACACAACCAAAACAAGGTCAGGTTTCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCATTCCAAATCGACCACGTc > 1:553039/1‑150 (MQ=37) aCTGCATGAACCGCCGGGGGTGCTGCGCAGCCCAATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACACCAGACCACCACGCCCAGCGCCGCACATCCTAACCAAGGTCACGTTGCAGATACGCGTCACCCACCACCCATTACAAAGAGACCACGTCCg > 1:8567622/1‑150 (MQ=25) aCTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCGATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACACCAGACCACCCGGCCCAGCGCCTCACATACAAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCCCCAGCCGTTCCCATGCGACCAGGTACg > 2:842144/1‑150 (MQ=38) aCTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCAATCGCCACACAAGGCCGCACCCACTCCAGACCACCAGGCCCAGCGCCGCACATCCAAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCCCGGCACGCACCACCCATTACAATGCGAACAGGTCCg > 1:6284045/1‑150 (MQ=255) cTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCGAACCAAGGGCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTGTCCAATGCGACCAGGTCCgg > 2:8647886/1‑150 (MQ=255) cTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCAGCGCCTCACAACCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCCGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCgg > 1:6779235/1‑150 (MQ=255) tGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACACCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATACAAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTAccc > 2:2707773/1‑150 (MQ=255) aaCCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCcgc < 2:5821341/150‑1 (MQ=255) aaCCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCAGCGCCTCACCTCCTAACCCAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCACCCATTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCcgc > 2:7066145/1‑150 (MQ=39) gatagggCTGCGCAGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCa > 1:2671778/5‑150 (MQ=255) gatagggCTGCGCAGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCa > 1:1905723/5‑150 (MQ=255) gatagggCTGCGCAGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCa > 1:2949362/5‑150 (MQ=255) ccgGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCCCGCCAc > 1:8601312/1‑150 (MQ=255) cgGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCAcc > 2:8237374/1‑150 (MQ=255) cgGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCAcc > 2:8180954/1‑150 (MQ=255) ggggCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCt > 1:826123/1‑150 (MQ=255) gctgctGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCaa < 2:6536561/78‑1 (MQ=255) tgctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTca > 1:3509233/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTca > 1:8084286/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTca > 2:1751571/1‑150 (MQ=255) ctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcacc > 2:8957794/1‑150 (MQ=255) tgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcaccc > 1:2080992/1‑150 (MQ=255) | AATACATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGCTTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCC > NC_002947/5683250‑5683548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |