Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,818,831 | A→G | 11.5% | intergenic (+39/+90) | PP_5092 → / ← pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,818,831 | 0 | A | G | 11.5% | 506.0 / 45.3 | 193 | intergenic (+39/+90) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/99); new base G (10/12); total (81/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-02 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAG > NC_002947/5818683‑5818980 | gCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCAC > 2:8918324‑M1/1‑150 (MQ=255) gCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCAC < 1:6229605‑M1/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGACCCCTTCGCGGGCAC < 2:4795377‑M1/150‑1 (MQ=255) 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agcagcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCttt < 2:1486537/150‑1 (MQ=255) agcagcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACCCCCGCTCCCCCCGGTAGCGCGGCGCTCTCGCGCGCAGCGCACCTACCGGGGGGCGCGGGGGCGCCCGCGGAAGGGccggg > 2:2628345/1‑147 (MQ=255) agcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACCTACCGGTGGGAGCGGGCGCGCCCCCGAAACGGCCGTTGCa > 2:3207226/1‑150 (MQ=38) gcagcTGAGTCTGGCCATGCGTTATGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTCGCGCGACGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAg < 1:8659297/150‑1 (MQ=38) cagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAgg < 2:5259838/150‑1 (MQ=255) gCCAAGCGTTAAGCTGAGCGGCTCTATCCGGTACCGGCCCCGGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGCGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCt < 1:4633279/150‑1 (MQ=38) aGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGa < 2:7555152/150‑1 (MQ=255) gCGTAAAGCTGATCGGCGCTAGCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGAt < 1:7904773/150‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGATCGGCGCTATCGGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGCGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATc < 1:966305/150‑1 (MQ=255) gTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGGAGCGCGTCGCGCTCGCGCGCAGCTCACCTACCGGGGGGCGCGGGCGCGCCCGCCCAAGGGCCGTGGCGGGGACTCCCAGCCCTTGATcc > 2:6562038/1‑149 (MQ=255) gTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCa < 1:2629816/150‑1 (MQ=255) tacgCTTATCGGCGCTATCCGGTCCCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAc < 1:3195099/147‑1 (MQ=255) acgCTGATCGGCGCTAGCCGGTACCGGCCCCGTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCGCGCGCGCAGCTCACATACCTGGGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAcc < 2:8633250/148‑1 (MQ=255) ggCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgt > 2:2012545‑M1/1‑50 (MQ=255) gcgcTAGCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCt < 1:6313077/150‑1 (MQ=255) tATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGGCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGc < 1:1236906/150‑1 (MQ=255) ccGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTc < 2:5504257/150‑1 (MQ=255) ccGGCCCCTTCGCGGGCACCCCCGCACCCACAGGTAGCGCGTCGCGCTCGCGCGCAGCTCACATACCGGTGGGAGCGGGCGCGCCCCCGCAACGGCCGTTGCACGTACAACAAGCCGTTGATAAAACCTAGCACCCACAGCCACCGCAAc > 2:4953847/1‑150 (MQ=255) CCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGcccc > 2:7174055‑M1/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgcaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggca < 2:1973348‑M2/150‑96 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTc < 1:3745699/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTc < 2:1040541/150‑1 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCAt > 2:2458669/1‑150 (MQ=255) cgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATc < 2:5278177/150‑1 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa > 1:4467844/1‑150 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCCCGAAACGGCCGTTTCAGGTACAAAAAGCCGTTGATAAACCCGCGCTCCCACACCCACCGCAACCCCCCCACCAACGTCa > 1:3101758/1‑150 (MQ=37) aCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAg < 1:8918324/150‑1 (MQ=255) | GCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAG > NC_002947/5818683‑5818980 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |