Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,848,168 | G→A | 6.9% | G214G (GGC→GGT) | mutM ← | formamidopyrimidine‑DNA glycosylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_002947 | 5,848,168 | 0 | G | A | 6.9% | 937.7 / 38.4 | 305 | G214G (GGC→GGT) | mutM | formamidopyrimidine‑DNA glycosylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (159/124); new base A (9/12); total (169/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TACACGCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGATGTTGCCCACCCCTACCA > NC_002947/5848019‑5848316 | tACACGCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCg < 1:5243506/150‑1 (MQ=255) cccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGa > 2:798460/1‑150 (MQ=255) cccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGa > 2:5532730/1‑150 (MQ=255) cccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCGCGa < 2:2236586/150‑1 (MQ=255) cccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGCGGTACCACCCTGCGCGa < 1:1745141/150‑1 (MQ=255) cccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGCGGTACCACCCTGCGCGa < 2:7271496/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGAt < 1:1029640/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGAt < 1:9108623/150‑1 (MQ=255) 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ccccAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGAGCAGGGCGGTACCACCCTGCGCGactttatc < 2:7665129/150‑8 (MQ=255) ccAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGgccgccg > 2:2293867/1‑150 (MQ=255) ccAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGgccgccg > 1:1781648/1‑150 (MQ=255) ccAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGgccgccg > 1:3115774/1‑150 (MQ=255) ccAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGgccgccg > 1:4648658/1‑150 (MQ=255) 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catCGAGCAGGGCGGTACCACCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGa > 1:3810746/3‑150 (MQ=255) gTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGAt < 1:6730987/150‑1 (MQ=255) atCGAGCAGGGCGGTACCACCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGAt > 2:9071099/2‑150 (MQ=255) atCGAGCAGGGCGGTACCACCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCGCGGTGGCGTAGAt > 2:4473043/2‑150 (MQ=255) tCGAGCAGGGCGGTACCACCCTGCGCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGATg > 2:8263523/1‑150 (MQ=255) 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TACACGCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGATGTTGCCCACCCCTACCA > NC_002947/5848019‑5848316 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |