| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 471,531 | A→T | 5.2% | I469I (ATT→ATA) ‡ | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 471,531 | 0 | A | T | 5.2% | 1050.5 / 28.7 | 320 | I469I (ATT→ATA) ‡ | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (153/150); new base T (6/11); total (159/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TCTTCGTCGTCACCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTC > NC_002947/471382‑471680 | gtcgtcACCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACg < 1:4197460/150‑1 (MQ=255) tcgtcACCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACgg > 1:5465401/1‑150 (MQ=255) gtcACCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGtt < 1:6099557/150‑1 (MQ=255) gtcACCGATCGGGGGTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCGTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGtt < 2:6914200/150‑1 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAg < 1:6809526/150‑1 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAg > 1:7471945/1‑150 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAg > 1:2490022/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCttgt < 2:3734668/150‑1 (MQ=255) ggggTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCttgttg < 1:1483230/150‑1 (MQ=255) gggTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGa > 1:5323314/1‑150 (MQ=255) gTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATc < 1:2848775/150‑1 (MQ=255) gTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATc > 2:8231055/1‑150 (MQ=255) cATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGtctc < 1:1213441/150‑1 (MQ=255) cATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGtctc < 1:1500781/150‑1 (MQ=255) tGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGa > 2:7151791/1‑150 (MQ=255) tGGAGAGCGGCGCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGCTTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGa > 2:5948496/1‑150 (MQ=255) ggAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGAt > 2:3234057/1‑150 (MQ=255) agaTCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCa < 2:1242179/150‑1 (MQ=255) gaTCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCAt < 1:458330/150‑1 (MQ=255) gaTCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCAt < 2:6255134/150‑1 (MQ=255) ggCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGc > 1:1569315/1‑150 (MQ=255) gCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCa > 2:5873266/1‑150 (MQ=255) gCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCa > 1:6302968/1‑150 (MQ=255) 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ttCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATc > 1:3331986/1‑120 (MQ=255) ttCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATg > 1:6976816/1‑150 (MQ=255) aCCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGgtgcgt < 2:9137831/150‑1 (MQ=255) cTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGc > 1:8721172/1‑137 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGTAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTAGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:3572355/1‑150 (MQ=255) 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cATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTa < 1:2177764/150‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCATATGGCGCGAAA‑TACCGTTGAGCTTGTTTATCGTCTCGGTCATGTGCACCGCAAAGACTATGGTGCGAGCATTGTCTGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGAAGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCcg > 2:6717361/1‑150 (MQ=255) tGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGa > 2:7670364/1‑150 (MQ=255) tGCAGCATCTGGCGCGATG‑TACGAACGATCTTGTTGATCGTTTCGATCATGTGCACCGGAATACGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGa > 1:3728342/1‑150 (MQ=255) cagcaTCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACg > 2:2341752/1‑150 (MQ=255) agcaTCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACgg < 1:6505306/150‑1 (MQ=255) gcaTCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGt > 1:3068770/1‑150 (MQ=255) caTCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTa < 2:7313847/150‑1 (MQ=255) aTCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTAt < 2:1546727/150‑1 (MQ=255) aTCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTAt < 2:3816941/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTc < 2:6375357/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTc < 2:4452525/150‑1 (MQ=255) gggCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCg < 1:2272221/149‑1 (MQ=255) gCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGaa < 1:8881591/150‑1 (MQ=255) cGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAAc < 1:3234057/150‑1 (MQ=255) ggAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACtt < 2:2808054/150‑1 (MQ=255) | TCTTCGTCGTCACCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTC > NC_002947/471382‑471680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |