| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,922,201 | A→C | 7.6% | Q270P (CAG→CCG) | PP_5190 → | type II secretion system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,922,201 | 0 | A | C | 7.6% | 685.2 / 2.7 | 259 | Q270P (CAG→CCG) | PP_5190 | type II secretion system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (110/122); new base C (22/5); total (132/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GGAACCACGCCGCGAACAGGGCCAGCTGCGCTACCGTATCGATGGCCTGCTGCACACCGTCTACGCCTTCCCCGCCGGGGTCACCCTGGCCCTCGTCAGCCGCCTGAAACACCTGGGCCGCATGGACGTTGCAGAGAAGCGCCGGCCGCAGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCCACCCCATTTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTCGACCGCCTTGGCCTGCACG > NC_002947/5922052‑5922350 | gAACCACGCCGCGAACAGGGCCAGCTGCGCTACCGTATCGATGGCCTGCTGCACACCGTCTACGCCTTCCCCGCCGGGGTCACCCTGGCCCTCGTCAGCCGCCTGAAACACCTGGGCCGCATGGACGTTGCAGAGAAGCGCCGGCCGCAg > 1:1201690/1‑150 (MQ=255) gAACCACGCCGCGAACAGGGCCAGCTGCGCTACCGTATCGATGGCCTGCTGCACACCGTCTACGCCTTCCCCGCCGGGGTCACCCTGGCCCTCGTCAGCCGCCTGAAACACCTGGGCCGCATGGACGTTGCAGAGAAGCGCCGGCCGCAg < 2:6073917/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCGAACAGGGCCAGCTGCGCTACCGTATCGATGGCCTGCTGCACACCGTCTACGCCTTCCCCGCCGGGGTCACCCTGGCCCTCGTCAGCCGCCTGAAACACCTGGGCCGCATGGACGTTGCAGAGAAGCGCCGGCCGCCGGGcgg > 1:8571115/1‑150 (MQ=255) 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gCAGAGAAGCGCCGGCCGCAGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCCACCCCATTTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTc < 2:3043899/150‑1 (MQ=255) gCAGAGAAGCGCCGGCCGCAGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCAACCCCATTTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTc < 2:976294/150‑1 (MQ=255) agagAAGCGCCGGCCGCAGGACGGCCGGCTGCAAATCCGCCTAACCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTTCGGCTTTCGAACCTTCCCAACCCATTTTGCGATAAAAATGTGTTTCGCCTGTTCGAACCGCACCAGTTTCAAGAGGGCTTAGa > 2:4530155/1‑150 (MQ=255) agagAAGCGCCGGCCGCAGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCCACCCCAATTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTCGa > 2:6751234/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGGCCGCAGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCCACCCCATTTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTCGACCGc > 1:5798396/1‑150 (MQ=255) 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cgCAGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCCACCCCATTTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTCGACCGCCTTGGCCTGc > 2:133993/1‑150 (MQ=255) aGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCCACCCCATTTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTCGACCGCCTTGGCCTGCACg > 2:7034512/1‑150 (MQ=255) | GGAACCACGCCGCGAACAGGGCCAGCTGCGCTACCGTATCGATGGCCTGCTGCACACCGTCTACGCCTTCCCCGCCGGGGTCACCCTGGCCCTCGTCAGCCGCCTGAAACACCTGGGCCGCATGGACGTTGCAGAGAAGCGCCGGCCGCAGGACGGCCGGCTGCAAAGCCGCCTACCCGGTGGTGGCGAAGTGGAGCTGCGGCTTTCGACCCTGCCCACCCCATTTGGCGAGAAACTGGTGTTGCGCCTGTTCGACCCGCACCAGTTGCAAGAGGGCTTCGACCGCCTTGGCCTGCACG > NC_002947/5922052‑5922350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |