| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 471,538 | T→A | 5.4% | N467I (AAC→ATC) ‡ | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 471,538 | 0 | T | A | 5.4% | 1044.6 / 33.0 | 312 | N467I (AAC→ATC) ‡ | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (150/145); new base A (6/11); total (156/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
CGTCACCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCT > NC_002947/471389‑471687 | aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAg > 1:5829614/1‑150 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAg < 1:6809526/150‑1 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAg > 1:7471945/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |