| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 5,986,414 | 0 | T | C | 17.2% | 430.2 / 71.4 | 202 | intergenic (+32/+57) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/92); new base C (17/16); total (92/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.01e-02 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
ATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTT > NC_002947/5986266‑5986563 | aTGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc < 2:8196131/150‑1 (MQ=255)aTGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCGGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc < 2:6891590/150‑1 (MQ=255) ggCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:3554745/150‑1 (MQ=255) 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tAAACCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc < 2:7141261/150‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACGGTGGGCTGTAGGGGGGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc < 1:7351016/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTCGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 1:6628207/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:1196991/1‑150 (MQ=255) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGGTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:2956437/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGACGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:3197816/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:5935144/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:5618473/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:8572865/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4834027/1‑150 (MQ=255) 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gCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 2:7828840/1‑150 (MQ=255) tCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt < 2:8300689/150‑1 (MQ=255) | ATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTT > NC_002947/5986266‑5986563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |