| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,986,420 | 0 | G | A | 16.3% | 465.8 / 75.3 | 211 | intergenic (+38/+51) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/95); new base A (20/13); total (102/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCA > NC_002947/5986273‑5986569 | gCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCg < 1:8451718/150‑1 (MQ=255) gATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGc < 1:2853825/150‑1 (MQ=255) aTCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCt < 2:690507/150‑1 (MQ=255) 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aCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTTGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 1:6628278/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 1:7179181/1‑150 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 1:7918652/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:1196991/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGGAGTTGGGGATACGCTGCGACGGCCGGTTCCCCGGcccggcgggg > 2:8128335/1‑143 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:5618473/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:7130407/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:2376314/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3694510/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4039458/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4251961/1‑150 (MQ=38) ccGCACCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:2170878/1‑150 (MQ=255) cGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc > 2:6335348/1‑150 (MQ=37) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 1:5932634/4‑150 (MQ=38) gCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGGGCGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg < 1:6455107/150‑1 (MQ=255) tCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt < 2:8300682/150‑1 (MQ=255) ccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGATTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTg > 2:6323608/1‑150 (MQ=38) ctccGGTCGGCTGTTGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 1:4476815/147‑1 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:7516506/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 1:6108820/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 1:760293/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTATACATCAGAGCGAGGCAAGCGCTGCGTAGCTGTTCAGCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAAGATGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTtcg > 1:4090362/1‑150 (MQ=38) ccGGTCGGCTGTCGGGGGGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGTGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 1:6220604/149‑1 (MQ=255) aCGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 2:3500847/150‑1 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGcc > 1:382103/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa > 1:958033/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAGGTCGTTGCGCCa > 2:5210521/1‑150 (MQ=255) | TGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCA > NC_002947/5986273‑5986569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |