| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,986,422 | 0 | T | C | 16.2% | 474.6 / 76.5 | 216 | intergenic (+40/+49) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/90); new base C (19/15); total (106/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.49e-03 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGT > NC_002947/5986273‑5986571 | cGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCgg < 2:5130442/150‑1 (MQ=255) gATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGc < 1:2853825/150‑1 (MQ=255) tCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCCCTCCTACGGTCGGcgg > 1:5164168/1‑148 (MQ=255) 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aCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGAGTTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 2:1925502/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:3887684/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:1196991/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGGAGTTGGGGATACGCTGCGACGGCCGGTTCCCCGGcccggcgggg > 2:8128335/1‑143 (MQ=255) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACGGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:554569/1‑150 (MQ=37) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGGTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:2956437/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGACGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:3197816/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:5935144/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:2376314/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4834027/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4602721/1‑150 (MQ=37) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:6853193/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4251961/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3694510/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCACGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGATCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:6533706/1‑150 (MQ=38) ccGCACCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:2170878/1‑150 (MQ=255) cGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc > 2:6335348/1‑150 (MQ=37) tCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt > 1:22151/1‑150 (MQ=255) tCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt < 2:4724722/150‑1 (MQ=255) ccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGATTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTg > 2:6323428/1‑150 (MQ=38) ctccGGTCGGCTGTTGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 1:4476815/147‑1 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 1:8874750/150‑1 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGTGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCCGCCCGTCGATGTCGTTtcg > 1:4090368/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCTGTTGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa < 1:305926/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa > 2:5210563/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 2:8327372/1‑150 (MQ=255) tCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGt > 2:8473822/1‑150 (MQ=255) | TGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGT > NC_002947/5986273‑5986571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |