Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 471,542 | G→T | 5.4% | L466I (CTC→ATC) | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 471,542 | 0 | G | T | 5.4% | 1030.2 / 30.1 | 304 | L466I (CTC→ATC) | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/144); new base T (6/11); total (149/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
ACCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTC > NC_002947/471393‑471690 | aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAg > 2:2966031/1‑150 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAg > 1:7472024/1‑150 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAg > 1:2490022/1‑150 (MQ=255) aCCGATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCAGGCGGGAAATACGGTTGAg > 2:423089/1‑150 (MQ=255) gATCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCtt > 2:8211467/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCttgt < 2:3734668/150‑1 (MQ=255) gTTTCCATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATc < 1:2848775/150‑1 (MQ=255) cATGGAGATCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGtctc < 1:1213441/150‑1 (MQ=255) 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gagaTCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATc > 2:5344768/1‑150 (MQ=255) agaTCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCa < 2:1242179/150‑1 (MQ=255) gaTCGGCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCAt < 2:6255926/150‑1 (MQ=255) ggCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGc > 1:1569315/1‑150 (MQ=255) gCTCTTTGGCGATCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCa > 1:6302968/1‑150 (MQ=255) 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tCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGa < 2:2439478/150‑1 (MQ=255) tCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGa < 1:3409453/150‑1 (MQ=255) tCTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGa < 1:4336892/150‑1 (MQ=255) cTTCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGAt > 1:8474674/1‑150 (MQ=255) tCAATACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATgg > 1:8108191/1‑150 (MQ=255) aaTACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGAGGATGgtg > 1:1528045/1‑150 (MQ=255) aCCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGgtgcgt < 2:9137831/150‑1 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGTAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTAGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:3572355/1‑150 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:7961463/1‑150 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGAAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCTTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:3360493/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |