| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 471,588 | T→C | 12.7% | A450A (GCA→GCG) | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 471,588 | 0 | T | C | 12.7% | 896.0 / 90.7 | 330 | A450A (GCA→GCG) | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (127/160); new base C (14/28); total (142/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
ACCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGG > NC_002947/471439‑471735 | aCCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGgtgcgt < 2:9137831/150‑1 (MQ=255)aCCTTGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGgtgcgt < 2:72984/150‑1 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:3722815/1‑150 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:4247758/1‑150 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGAAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCTTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:3360493/1‑150 (MQ=255) ttGCGGATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGACCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGcc > 2:7962051/1‑150 (MQ=255) gATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGACTGCGGATGGTGCGTGCCTGGTc < 2:3250598/150‑1 (MQ=255) gATTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTc > 2:8446056/1‑150 (MQ=255) aTTTTGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCg > 1:4713668/1‑150 (MQ=255) ttttGTCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCgg < 1:5541485/150‑1 (MQ=255) tCCTCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATc < 2:3050814/150‑1 (MQ=255) tCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGaa > 2:1619448/1‑150 (MQ=255) tCAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGaa > 2:857335/1‑150 (MQ=255) cAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAAc < 2:4651926/150‑1 (MQ=255) cAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAAc < 1:1485821/150‑1 (MQ=255) cAGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAAc < 1:8559038/150‑1 (MQ=255) aGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGc < 1:8636003/141‑1 (MQ=255) aGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACg > 2:5934154/1‑150 (MQ=255) aGGCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACg > 1:4204864/1‑150 (MQ=255) ggCATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACgg < 2:138759/150‑1 (MQ=255) cATTTCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGt < 1:1742884/150‑1 (MQ=255) tCCATGCGCTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATc < 2:8000455/150‑1 (MQ=255) cgcTCGCCCAGCTCTTCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATTACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTg < 2:705026/150‑1 (MQ=255) 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ttCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGt < 1:3757260/150‑1 (MQ=255) tCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTg < 2:3005745/150‑1 (MQ=255) ccGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTgg > 2:2585927/1‑150 (MQ=255) ggAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCa < 1:3939625/150‑1 (MQ=255) ggAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAA‑TACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCa > 2:2342007/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |