| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,005,515 | G→T | 7.4% | R134S (CGT→AGT) ‡ | amaB ← | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,005,515 | 0 | G | T | 7.4% | 1219.4 / 60.7 | 366 | R134S (CGT→AGT) ‡ | amaB | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/183); new base T (11/16); total (167/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
CAGGGCGGTCAGCGGAGTCTTCTCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGC > NC_002947/6005366‑6005664 | ggCGGTCAGCGGAGTCTTCTCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCAt > 2:7497894/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGGAGTCTTCTCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATgtgg > 2:5490943/1‑150 (MQ=255) cGGAGTCTTCTCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGcc > 2:6906315/1‑150 (MQ=255) 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gCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGc > 1:6385082/1‑150 (MQ=255) | CAGGGCGGTCAGCGGAGTCTTCTCGGACGGTTTCCATACCACCGAGTTGCCGGCCACCAGGGCCAGGGCGGTGTTCCAGGCCCACACGGCAACCGGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGC > NC_002947/6005366‑6005664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |