Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 471,636 | G→C | 19.0% | A434A (GCC→GCG) | rpoD ← | RNA polymerase sigma 70 factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 471,636 | 0 | G | C | 19.0% | 805.5 / 176.9 | 326 | A434A (GCC→GCG) | rpoD | RNA polymerase sigma 70 factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/156); new base C (27/35); total (134/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCAGACGCAGGTTCGC > NC_002947/471487‑471785 | ccGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTgg < 1:2572345/150‑1 (MQ=255) ccGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTgg < 2:6945491/150‑1 (MQ=255) ggAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCa > 2:2342007/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTc < 2:2918139/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCg > 2:5086466/1‑150 (MQ=255) gTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCg > 1:8112404/1‑150 (MQ=255) ttCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCga > 1:8761422/1‑150 (MQ=255) ttCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCga < 1:2144304/150‑1 (MQ=255) cgcgACCGATTTCATGCAGCATCTGGCGCGATGTACGAACGATCTTGTTGATCGTTTCGATCATGTGCACCGGAATACGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCgaga > 2:3880965/1‑150 (MQ=255) gcgACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGaa < 1:9037674/150‑1 (MQ=255) gcgACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGaa > 2:160213/1‑150 (MQ=255) gcgACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGaa > 1:1362237/1‑150 (MQ=255) gcgACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGaa > 1:2799972/1‑150 (MQ=255) cgACCGATTTCATGCAGCATCTGGCGCGATGTACGAACGATCTTGTTGATCGTTTCGATCATGTGCACCGGAATACGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGACTCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAAc < 2:8181901/150‑1 (MQ=255) cgACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAAc < 2:5831731/150‑1 (MQ=255) cccATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTg < 1:8385926/150‑1 (MQ=255) ccATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGt > 1:2684198/1‑150 (MQ=255) ccATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGt > 1:5604441/1‑150 (MQ=255) cATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTa < 2:2603223/150‑1 (MQ=255) tttCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGc > 2:6554399/1‑150 (MQ=255) atGCAGCATCTGGCGCGATGTACGAACGATCTTGTTGATCGTTTCGATCATGTGCACCGGAATACGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACcacg > 2:3061703/2‑150 (MQ=255) tGCAGCATCTGGCGCGATGTACGAACGATCTTGTTGATCGTTTCGATCATGTGCACCGGAATACGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGa > 1:3728342/1‑150 (MQ=255) cagcaTCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACg > 2:1751585/1‑150 (MQ=255) gcaTCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGt > 1:1484983/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTAt < 2:3816941/150‑1 (MQ=255) tCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGAc > 1:3814288/1‑144 (MQ=255) tCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTAtt > 2:1834601/1‑150 (MQ=255) gCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGaa < 2:6136350/150‑1 (MQ=255) aaTACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTc < 2:759705/150‑1 (MQ=255) tACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCa > 2:88024/1‑150 (MQ=255) gTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTGTTCGAACTTGTCCACCGc > 1:4964969/1‑150 (MQ=255) gTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGc > 2:6176289/1‑150 (MQ=255) ttgttgATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTtcatc < 1:1645725/150‑1 (MQ=255) tgttgATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTtcatca < 1:8231085/150‑1 (MQ=255) gttgATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAg > 1:3158325/1‑150 (MQ=255) ttgATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGa < 1:7361298/150‑1 (MQ=255) tCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGa > 1:4026790/1‑150 (MQ=255) gtttcGATCATGTGCACCGGAATACGGATGGTGCGCGCCTGATCGGCAATCGAACGGGTGATTGCCTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATCCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGAta < 2:6756078/147‑2 (MQ=255) gTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCAt > 1:4295636/1‑88 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(MQ=255) cTGACGAATCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCAACGGTTGGTGTACTTCTTGGCAATCGAGAt > 2:5552164/1‑150 (MQ=255) tGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATc < 1:5344768/150‑1 (MQ=255) aCGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCAc < 2:6895308/150‑1 (MQ=255) ggATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCa < 2:4204864/150‑1 (MQ=255) gaaTCCACCATGTCGCATAGGTCGAGAACTTGTAACCACGACGATATTCGAACTTATCGACCGCCTTCATCAGACCGATATTGCCTTCCTGAATAAGATCGAGGAACTGAAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCAATCGAGATAAcga > 1:6575517/3‑148 (MQ=255) 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TCCGGAGTCGGTTCGCGACCCATTTCCTGCAGCATCTGGCGGGAAATACGGTTGAGCTTGTTGATCGTCTCGATCATGTGCACCGGAATGCGGATGGTGCGTGCCTGGTCGGCGATCGAACGGGTGATCGCCTGACGGATCCACCAGGTGGCATAGGTCGAGAACTTGTAGCCGCGACGGTATTCGAACTTGTCCACCGCTTTCATCAGACCGATGTTGCCTTCCTGGATCAGGTCGAGGAACTGCAGGCCACGGTTGGTGTACTTCTTGGCGATGGAAATCACCAGACGCAGGTTCGC > NC_002947/471487‑471785 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |