Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,005,609 | C→T | 13.2% | V102V (GTG→GTA) | amaB ← | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 6,005,609 | 0 | C | T | 13.2% | 1059.6 / 121.6 | 401 | V102V (GTG→GTA) | amaB | L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (180/168); new base T (28/25); total (208/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
GGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCAGGCTTCGAAGGC > NC_002947/6005460‑6005758 | gggAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGc < 2:5341314/150‑1 (MQ=255) aaGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACt < 1:366110/150‑1 (MQ=255) tGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCAc > 1:2470956/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCAcc > 2:6352237/1‑150 (MQ=255) ggCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCa < 2:9007433/150‑1 (MQ=255) gacgcgACAGACCAACTGCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTCCTGTACTTCGCCGAGGCCTTCCGAAGGAATCTTGCCAGCTTCGAGCGAAACGAGACGGCCGAGGTCTTCCTTGGAAGCACGCAGTTCTTCACCGAGCAGgcggatca > 2:6655993/3‑145 (MQ=255) gcgcGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAg < 2:4071985/150‑1 (MQ=255) accAACTGCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTCCTGTACTTCGCCGAGGCCTTCCGAAGGAATCTTGCCAGATTCGAGCGAAACGAGACGGCCGAGGTCTTCCTTGGAAGCACGCAGTTCTTCACCGAGCAGGCGGATCAGTTCGCCACg > 2:1227258/2‑150 (MQ=255) ccAACTGCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTCCTGTACTTCGCCGAGGCCTTCCGAAGGAATCTTGCCAGCTTCGAGCGAAACGAGACGGCCGAGGTCTTCCTTGGAAGCACGCAGTTCTTCACCGAGCAGGCGGATCAGTTCGCCACgc < 1:5908598/150‑2 (MQ=255) ccAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACgg > 1:4762498/1‑150 (MQ=255) ccAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACgg > 2:1658909/1‑150 (MQ=255) aCGTCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGgcgc < 2:6761784/150‑1 (MQ=255) tgCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTCCTGTACTTCGCCGAGGCCTTCCGAAGGAATCTTGCCAGCTTCGAGCGAAACGAGACGGCCGAGGTCTTCCTTGGAAGCACGCAGTTCTTCACCGAGCAGGCGGATCAGTTCGCCACgctttgg > 1:1112323/2‑144 (MQ=255) tgCGAAATCGCAGATGTCGATCATTTCCTGTACTTCGCCGAGGCCTTCCGAAGGAATCTTGCCAGCTTCGAGCGAAACGAGACGGCCGAGGTCTTCCTTGGAAGCACGCAGTTCTTCACCGAGCAGGCGGATCAGTTCGCCACgctttgg > 1:8501728/2‑144 (MQ=255) tCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGc > 1:176590/1‑150 (MQ=255) gCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGGTCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGcac > 2:7430297/1‑150 (MQ=255) tCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTgcgc < 2:9101585/150‑1 (MQ=255) gATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCa > 1:4517229/1‑150 (MQ=255) aTCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGACGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCAGGCACACTGCGCAAg > 1:7755399/1‑150 (MQ=255) aTCATGTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCAg < 2:447484/150‑1 (MQ=255) tttCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCAGGCtt > 2:4427718/1‑150 (MQ=255) tCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCAGGCTTCg > 2:3129382/1‑150 (MQ=255) tGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCAGGCTTCGAAg > 1:4192324/1‑150 (MQ=255) cACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCAGGCTTCGAAGgc > 2:2069110/1‑150 (MQ=255) | GGGAAGTTGAAGGCGCTGATCACGCCGACCACACCCAGCGGGTGCCAGGTTTCACGCATGTGGTGGCCCGGGCGCTCGGAAGCGATGGTCAGGCCGTACAGCTGGCGCGACAGGCCAACGGCGAAGTCGCAGATGTCGATCATTTCCTGCACTTCACCCAGGCCTTCCTGGGTGATCTTGCCGGCTTCGATCGAGACCAGCTCGCCGAGGTCGGCCTTGTGCTCACGCAGCACTTCGCCGAACAGGCGCACCAGTTCGCCACGGCGCGGAGCCGGCACACTGCGCCAGGCTTCGAAGGC > NC_002947/6005460‑6005758 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |