| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,013,719 | C→T | 5.1% | P198L (CCC→CTC) | rep → | single‑stranded DNA dependent ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,719 | 0 | C | T | 5.1% | 879.6 / 21.5 | 273 | P198L (CCC→CTC) | rep | single‑stranded DNA dependent ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (105/154); new base T (9/5); total (114/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GCCGCCAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATCT > NC_002947/6013570‑6013868 | gccgccAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCAccc > 2:2432748/1‑150 (MQ=255)gccgccAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCAccc < 2:1266602/150‑1 (MQ=255) cAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAgg < 1:1218430/150‑1 (MQ=255) aGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGca > 2:5705419/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTTGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTg < 2:4068057/150‑1 (MQ=255) cccTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCGGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTgg < 1:7820047/150‑1 (MQ=255) cccTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCTCGGGGTGCtcc < 2:5150183/150‑3 (MQ=255) cTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCTCGGGGTGCtcctg < 1:4415856/150‑5 (MQ=255) tGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAgc < 2:4918885/150‑1 (MQ=255) tGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAgc > 1:2457550/1‑150 (MQ=255) aaaaGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCt < 1:324374/150‑1 (MQ=255) aaaaGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCt < 1:8067872/150‑1 (MQ=255) aaaGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTg < 2:8663784/150‑1 (MQ=255) gcgcAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGaa < 1:8970536/150‑1 (MQ=255) gcAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAAcc > 2:1988600/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACcgc < 2:3727636/150‑1 (MQ=255) cccGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCgcgt < 1:3169583/150‑1 (MQ=255) cgcgcgAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCgcgtgc > 1:7960344/1‑150 (MQ=255) 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gccATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGAc < 2:2832302/150‑1 (MQ=255) gccATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGAc < 2:1555676/150‑1 (MQ=255) tCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATAcc > 1:6937189/1‑150 (MQ=255) tACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAg < 2:7224831/150‑1 (MQ=255) tACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAg < 2:6780895/150‑1 (MQ=255) 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ccACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGacac > 1:1038232/1‑150 (MQ=255) ccACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGacac > 2:8895574/1‑150 (MQ=255) ccACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGacac > 2:5863404/1‑150 (MQ=255) ccACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGacac > 1:592/1‑150 (MQ=255) cACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACAcc < 2:5234447/150‑1 (MQ=255) 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ccTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCaa < 1:3441499/150‑1 (MQ=255) cTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAAc > 1:6656517/1‑150 (MQ=255) gATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCa > 2:3346228/1‑150 (MQ=255) gATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCa > 2:8229319/1‑150 (MQ=255) tCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGt < 1:1267220/150‑1 (MQ=255) cTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGttt > 1:5773546/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTa > 1:3375936/1‑150 (MQ=255) gCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTAc < 2:7056719/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTAcc < 2:8180487/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTggg > 1:8923812/1‑150 (MQ=255) aaGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGc > 2:4527521/1‑150 (MQ=255) aaGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGc > 2:8109727/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGcgac < 1:8648278/150‑1 (MQ=255) tGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGaaaa > 1:3613464/1‑108 (MQ=255) tGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGcgacg > 2:4324802/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGcgacgac > 1:9128925/1‑150 (MQ=255) ccAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGcgacgacga < 2:5956559/150‑1 (MQ=255) ccAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGcgacgacga < 2:6116384/150‑1 (MQ=255) cAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCgacgacgac > 2:1110568/1‑150 (MQ=255) tccaGCACCTCGGGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGAcc > 2:7571600/4‑150 (MQ=255) tccaGCACCTCGGGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGAcc > 2:7722002/4‑150 (MQ=255) ccaGCACCTCGGGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCa > 2:6394564/3‑150 (MQ=255) aCCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGa < 2:3531445/150‑1 (MQ=255) ccccGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGAt > 1:4252989/1‑150 (MQ=255) cccGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATc > 2:2138034/1‑150 (MQ=255) cccGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATc > 1:980287/1‑150 (MQ=255) cccGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATc > 1:3650160/1‑150 (MQ=255) | GCCGCCAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATCT > NC_002947/6013570‑6013868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |