| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,722 | A→G | 5.2% | E199G (GAG→GGG) | rep → | single‑stranded DNA dependent ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,722 | 0 | A | G | 5.2% | 928.0 / 23.5 | 285 | E199G (GAG→GGG) | rep | single‑stranded DNA dependent ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (117/153); new base G (9/6); total (126/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GCCAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATCTAC > NC_002947/6013573‑6013870 | cAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAgg < 1:1218430/150‑1 (MQ=255) aGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGt > 2:1263972/1‑150 (MQ=255) gCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTTGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTg < 2:4068205/150‑1 (MQ=255) gCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTg < 2:7729278/150‑1 (MQ=255) cccTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCGGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTgg < 1:7820094/150‑1 (MQ=255) ccTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGa < 2:4660484/150‑1 (MQ=255) cTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCTCGGGGTGCtcctg < 1:4415856/150‑5 (MQ=255) tGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAgc < 2:4918885/150‑1 (MQ=255) tGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAgc > 2:4418542/1‑150 (MQ=255) tGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAgc > 1:2457550/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAgcg > 1:5956559/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAgcgc > 1:6468519/1‑150 (MQ=255) aaaaGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCt < 1:324374/150‑1 (MQ=255) aaaGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTg < 2:8663784/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAg > 2:1840722/1‑150 (MQ=255) gcgcAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGaa < 2:5667335/150‑1 (MQ=255) cccGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCgcgt < 2:6383897/150‑1 (MQ=255) cgcgAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCgcgtgcgt < 1:803805/150‑1 (MQ=255) 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gccATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGAc < 1:4026548/150‑1 (MQ=255) gccATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGAc < 2:6158122/150‑1 (MQ=255) cATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGa < 1:5566548/150‑1 (MQ=255) tCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAAt > 2:1487947/1‑150 (MQ=255) tACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAg < 2:7224831/150‑1 (MQ=255) 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ccACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGacac > 1:798141/1‑150 (MQ=255) ccACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGacac > 2:8895574/1‑150 (MQ=255) ccACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGacac > 1:1038232/1‑150 (MQ=255) cACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACAcc < 2:5234456/150‑1 (MQ=255) cACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACAcc > 1:8975522/1‑150 (MQ=255) tATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAg < 1:7216937/87‑1 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gATCCTGCAGCCTGTCAATCTTTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTTGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGAGCAACCa < 2:800595/150‑1 (MQ=255) gATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCa > 2:8229319/1‑150 (MQ=255) gATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCa > 2:3346228/1‑150 (MQ=255) tCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGt < 1:1267220/150‑1 (MQ=255) cTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGttt > 1:5773470/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTa > 1:3375936/1‑150 (MQ=255) gCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTAc < 2:7056719/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTAcc < 2:8180487/150‑1 (MQ=255) aGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCg < 1:6161703/150‑1 (MQ=255) gTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCgtggtg > 1:6625890/1‑150 (MQ=255) aaGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGc > 2:8109727/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGcga > 2:6072509/1‑150 (MQ=255) tGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGaaaa > 1:3613464/1‑108 (MQ=255) ttCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGcgacgac < 1:6910293/150‑1 (MQ=255) cAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCgacgacgac < 2:5706904/150‑1 (MQ=255) tccaGCACCTCGGGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGAcc > 2:2416977/4‑150 (MQ=255) tccaGCACCTCGGGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGAcc > 1:2949654/4‑150 (MQ=255) tccaGCACCTCGGGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGAcc > 2:7571600/4‑150 (MQ=255) tccaGCACCTCGGGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCCCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGAcc > 1:7560097/4‑150 (MQ=255) ggAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCa < 2:3741334/150‑1 (MQ=255) gCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTc < 1:3160620/150‑1 (MQ=255) gCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTc > 1:5912857/1‑150 (MQ=255) aCCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGa < 2:3531445/150‑1 (MQ=255) cccGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATc > 1:3650160/1‑150 (MQ=255) cccGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATc > 2:5488904/1‑150 (MQ=255) ccGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATCt > 2:1171610/1‑150 (MQ=255) | GCCAGAAGCCCTGGAAAAGGCGCGCAACCCGCGCGAGCAGACCGCCGCCATCGTCTACACCCACTATCAGCGCACGCTCAAGGCGTTCAACGCGGTGGACTTCGACGACCTGATCCTGCAGCCGGTCAAGCTGTTCCAGGAGCACCCCGAGGTGCTGGAGCGCTGGCAGAACCGCGTGCGTTACCTGCTGGTGGACGAATACCAGGACACCAACGCCAGCCAGTACCTGCTGGTGAAAATGCTGATCGGCATGCGCAACCAGTTTACCGTGGTGGGCGACGACGACCAGTCGATCTAC > NC_002947/6013573‑6013870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |