| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,025,138 | T→C | 7.1% | intergenic (+75/+69) | PP_5273 → / ← PP_5274 | oxidoreductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,025,138 | 0 | T | C | 7.1% | 790.2 / 30.8 | 254 | intergenic (+75/+69) | PP_5273/PP_5274 | oxidoreductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/129); new base C (9/9); total (116/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CCTGGCGGCAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGT > NC_002947/6024989‑6025287 | tGGCGGCAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAACGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 2:3984382/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc > 1:4955392/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 2:3744762/150‑1 (MQ=255) 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aCCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCcaca < 2:8087326/150‑1 (MQ=255) ccagcgcTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAg < 1:8689681/147‑1 (MQ=255) cTGCGCTCGCCACTGATGGCGCTGGGAATGCTGTGTCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCGTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGATGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAgg > 2:7544136/1‑150 (MQ=255) tGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAggg > 1:1028166/1‑150 (MQ=255) agctagacACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTc > 2:7117803/8‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |