| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,034,763 | C→T | 6.8% | intergenic (+49/+87) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,034,763 | 0 | C | T | 6.8% | 409.1 / 12.9 | 135 | intergenic (+49/+87) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/66); new base T (4/5); total (63/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CGCACCCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATG > NC_002947/6034614‑6034910 | cgcACCCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACA‑GGGGTAgcgc > 1:8301128/1‑150 (MQ=255) cccccGACGGCGGCGACCGTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCTAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCa < 1:8753243/148‑1 (MQ=255) aCCCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGGGCCAg > 1:6507948/1‑150 (MQ=255) 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tggcgGGTAAACCCGCTCCTACC‑GGGGTCGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTTGGAG‑CGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATc < 1:6536203/148‑1 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCGATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATc > 2:85582/1‑150 (MQ=255) gcgctgttAACCCCCCCCCCACG‑GGGTTCGCGCACGCCGGGCA‑GTTGACGCTACCCCGGTTGGCG‑‑GGGTTTACCCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATc < 1:8399868/143‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGAc > 1:7889513/1‑150 (MQ=18) gggTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACa > 2:2182833/1‑150 (MQ=18) 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(MQ=255) cTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 1:3786678/150‑1 (MQ=255) tACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCt > 1:8562720/1‑141 (MQ=255) tACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:6184977/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg > 2:3024386/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg > 1:2591736/1‑150 (MQ=255) 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cgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg > 1:702881/1‑150 (MQ=255) | CGCACCCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATG > NC_002947/6034614‑6034910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |