Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,034,771 | G→C | 7.4% | intergenic (+57/+79) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,034,771 | 0 | G | C | 7.4% | 453.6 / 18.2 | 143 | intergenic (+57/+79) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/74); new base C (4/7); total (62/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCA > NC_002947/6034624‑6034920 | ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 1:1237071/150‑1 (MQ=255) ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 1:1416713/150‑1 (MQ=255) ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 1:1416718/150‑1 (MQ=255) ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 2:2338967/150‑1 (MQ=255) ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt < 2:4375801/150‑1 (MQ=255) ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCAAAA‑TGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt > 2:2354217/1‑150 (MQ=255) ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGCACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt < 2:3880527/150‑1 (MQ=255) cgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCATTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGTGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGa < 2:7086814/150‑1 (MQ=255) 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ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCAt > 2:9014101/1‑150 (MQ=255) tggcgGGTAAACCCGCTCCTACC‑GGGGTCGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTTGGAG‑CGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATc < 1:6536203/148‑1 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCGATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATc > 2:85582/1‑150 (MQ=255) gcgctgttAACCCCCCCCCCACG‑GGGTTCGCGCACGCCGGGCA‑GTTGACGCTACCCCGGTTGGCG‑‑GGGTTTACCCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATc < 1:8399868/143‑1 (MQ=255) gcgttaaaaCCCGCTCACCCG‑GGGGTCGCGCCCGCGGGGCA‑TTTCACGCAACCCCTTTAGGTG‑GGGTTTTC‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGa < 1:4306207/144‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGAc > 1:7889513/1‑150 (MQ=18) gggTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACa > 2:2182833/1‑150 (MQ=18) gTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAAc > 1:2058922/1‑150 (MQ=21) gCTCCTCCC‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGAA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTcccc < 2:2498432/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACC‑GGGGTTGCGCCTGCCTGGCT‑GTTGACGGTACCGCTTTAGGAG‑GGGTTTTC‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTcccc < 2:2498518/150‑1 (MQ=255) tCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACACCGGCTCCCCag > 2:7240495/1‑149 (MQ=255) cTACT‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCGTTTTGGAG‑GGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 2:1748280/150‑1 (MQ=255) cTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 1:3786678/150‑1 (MQ=255) cTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa > 1:621174/1‑150 (MQ=255) tACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:6184977/1‑150 (MQ=255) cA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCa > 1:8590639/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg > 1:2591736/1‑150 (MQ=255) ggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 2:8777401/143‑1 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgat > 1:8758488/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCG‑GTTGCCGCAACCCCTGTTGGCG‑GGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 1:3383607/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |