| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 6,034,775 | T→C | 6.7% | intergenic (+61/+75) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,034,775 | 0 | T | C | 6.7% | 399.2 / 12.9 | 135 | intergenic (+61/+75) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/65); new base C (4/5); total (64/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCA > NC_002947/6034627‑6034920 | ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt < 2:4375801/150‑1 (MQ=255)ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCAAAA‑TGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt > 2:2354217/1‑150 (MQ=255)ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGCACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt < 2:3880527/150‑1 (MQ=255) 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cTACT‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCGTTTTGGAG‑GGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 2:1748280/150‑1 (MQ=255) cTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 1:3786678/150‑1 (MQ=255) cTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa > 1:621174/1‑150 (MQ=255) tACA‑GGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 2:1599540/1‑150 (MQ=25) cA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCa > 1:8590639/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |