| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,034,778 | A→G | 7.0% | intergenic (+64/+72) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,034,778 | 0 | A | G | 7.0% | 375.2 / 13.2 | 136 | intergenic (+64/+72) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/63); new base G (4/5); total (64/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.46e-02 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCCGCAC > NC_002947/6034629‑6034927 | cgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCATTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGTGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGa < 2:7086814/150‑1 (MQ=255) cTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCt > 2:6065521/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGGAGCGCCAGCCGGGCA‑GTTGACGCt > 2:2281120/1‑150 (MQ=255) 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tCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCa < 1:7097426/106‑1 (MQ=255) tCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCa > 2:7097426/1‑106 (MQ=255) tCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACACCGGCTCCCCag > 2:7240495/1‑149 (MQ=255) cTACT‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCGTTTTGGAG‑GGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 2:1748280/150‑1 (MQ=255) cTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa > 1:621174/1‑150 (MQ=255) tACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCt > 1:8562720/1‑141 (MQ=255) tACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:6184977/1‑150 (MQ=255) cA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCa > 1:8590639/1‑150 (MQ=255) ggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 2:8777401/143‑1 (MQ=255) ggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa > 1:8777401/1‑143 (MQ=255) gcgcCCGCCTGGAT‑TTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑GGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 1:3383343/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat > 1:3740341/1‑150 (MQ=255) cgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg > 1:702881/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGCT‑GTGGCCGCTACCCCTGTCGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGa < 1:2051868/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGa > 1:3147988/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCGGTAGGAG‑GGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATc < 2:3228613/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGCG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATACGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCGTCACCAATGATGATGTGATc < 2:1061898/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCGTCACCAATGATGATGTGATc < 2:1061733/150‑1 (MQ=255) cTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATcaa > 2:2958659/1‑148 (MQ=255) cTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCa < 2:5301332/150‑1 (MQ=255) cTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCa > 2:246995/1‑150 (MQ=255) cTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCa > 2:2958322/1‑150 (MQ=255) gCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCa > 1:8385352/1‑150 (MQ=255) gCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCa > 1:8385795/1‑150 (MQ=255) tGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCCGc < 2:833247/150‑1 (MQ=255) aCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCCGcac < 1:2945023/150‑1 (MQ=255) aCGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCCGcac > 1:8644511/1‑150 (MQ=255) | CGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑GGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAG‑CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCCGCAC > NC_002947/6034629‑6034927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |