Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 503,834 | A→T | 13.3% | intergenic (+34/‑117) | PP_0414 → / → rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 503,834 | 0 | A | T | 13.3% | 708.9 / 79.0 | 258 | intergenic (+34/‑117) | PP_0414/rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (125/96); new base T (17/18); total (144/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATTCT > NC_002947/503685‑503982 | gCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTa < 1:7912307/150‑1 (MQ=255) gCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTa < 1:1365922/150‑1 (MQ=255) ccGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTaaa < 1:3590544/150‑1 (MQ=255) gACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGc < 1:9029471/150‑1 (MQ=255) aCCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGcc < 2:5828748/150‑1 (MQ=255) aCCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGcc < 2:1378245/150‑1 (MQ=255) aCCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGcc < 2:7495924/150‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCg < 2:2567463/150‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCGGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCg < 1:5075690/150‑1 (MQ=255) catctGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGGTGAGGCTGCTGACCCTCGAGGGGTGGCGTGGGCGTCGCGAGAAGCTGAGGACGCGACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCGTCGCGGCTAAAGCCg > 2:9138526/5‑150 (MQ=255) aTTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTGGCGGCTAAAGCCG‑Ga < 1:6717639/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTGCCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCgcgaag < 2:6490172/150‑6 (MQ=255) tGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCgcgaag < 1:2973651/150‑6 (MQ=255) 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ccGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACa > 1:1088331/1‑126 (MQ=38) cGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAt > 2:3758097/1‑150 (MQ=39) cGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAt > 1:8375507/1‑150 (MQ=39) ggCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAtt > 1:1491141/1‑150 (MQ=255) ggCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAtt > 2:2363778/1‑150 (MQ=39) 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tAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATtct > 1:8437878/1‑150 (MQ=255) | GCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATTCT > NC_002947/503685‑503982 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |