| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 524,174 | C→G | 6.7% | intergenic (+38/‑778) | tyrS → / → PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 524,174 | 0 | C | G | 6.7% | 544.6 / 4.3 | 184 | intergenic (+38/‑778) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/104); new base G (2/13); total (67/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.95e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
AGTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGAC > NC_002947/524028‑524323 | aGTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGt < 2:5820648/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTa < 1:1052947/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTa < 2:60468/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTa < 1:1013552/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑Tc < 1:8510948/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑Tc < 1:4077901/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCCGTGGGccaa > 1:8897258/1‑148 (MQ=255) tGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCACGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑Tccc < 2:7060183/150‑1 (MQ=255) 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cGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑t‑t < 2:6327602/150‑1 (MQ=255) gACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGTGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCGTTG‑g‑tt > 2:3718382/1‑150 (MQ=255) cAAGGACTTCATGTATGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGACGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑t‑tttt < 2:750586/150‑1 (MQ=255) gACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCCGGAGGCC‑AACCCCCAGTG‑T‑TTTTgggg > 2:1625189/1‑150 (MQ=255) ttCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCGGTAGGCC‑ACCCCCCATTG‑G‑TTGTGGGGttt > 2:4301126/1‑150 (MQ=255) 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tttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTggtggt < 1:8902204/150‑1 (MQ=255) ttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGCGGCCGGTAGGCC‑GCCCCCCGGTG‑T‑TTttgggggttggggggt > 2:7172455/1‑148 (MQ=255) tCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCACGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGACGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCt < 1:2006645/150‑1 (MQ=255) tCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCCGGGGGCC‑GCCCCCCCGTGTT‑Ttttggggttttggggtggt > 1:7005848/1‑147 (MQ=255) tCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCCGTAGGCC‑ACCCCGCCTTG‑T‑TTTTTGGGTTTTGTGGTTGCt > 2:7306854/1‑150 (MQ=255) 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1:6874901/1‑144 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCGGTGGGCCGACCCCCGGTTG‑T‑TTTTTGGG‑TTGGGGGTTGGtgtt > 1:6625965/1‑150 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGACGCCCGTAGGCC‑CCCCCCCGGTG‑T‑TTTTTGGGTGTGGGGGTTGCtggt > 2:616556/1‑148 (MQ=255) cTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGATTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTATCCC‑TCCCCGCATTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTaggg < 2:6706193/150‑1 (MQ=255) cttgtgtgCCATGGGGGAAATATGTGTTTTGGCCGGGTTACCCAAATGGCTGTGTGTTTGCGTGTATGGTGTAGATATATAGACGG‑GGGGTGGCGGTTTGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTagggggagg < 1:2295449/148‑1 (MQ=19) cATGTGTGCCACGCGGGCAAGACGTGGTTTGGCGGGGTTACCCTCACGGCTGAGTGATGGCCTGGTTGGTGTAGCTATATAGACGG‑GGGGAGGCCGGTCGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTagggggagg < 1:1217727/150‑1 (MQ=38) 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aGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAg > 1:144046/1‑48 (MQ=255) gTGATTGCCGGGTTGGTGTAGCTATATAGACGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCa < 1:5627904/150‑1 (MQ=255) cTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt < 2:3948155/150‑1 (MQ=255) ggATGGTGTAGCTATATAGACGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTga < 1:8796749/150‑1 (MQ=255) ggAGGGTGTAGCTATATAGACGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGCGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTga < 1:4521097/150‑1 (MQ=255) ttGGTGTAGCTATATAGACGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTgaga < 1:7702885/149‑1 (MQ=255) aTGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTgaga < 2:8589343/150‑1 (MQ=255) ggTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTGTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATc < 1:2569653/150‑1 (MQ=255) tgtAGCTATATTGAAGC‑GGGGTGGCGGTTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGa < 1:7917154/150‑1 (MQ=255) aaaaacaaaGC‑GGGGAGGCCTACCGGCC‑TCCCCACTTTG‑G‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGcgccg > 1:1364399/8‑150 (MQ=18) aaaaacaaaGC‑GGGGAGGCCTACCGGCC‑TCCCCACGTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGcgccg > 1:5877455/8‑150 (MQ=18) atataGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGcgccgc < 2:3150058/150‑1 (MQ=255) tataGAAGG‑GGGGTGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCgccgcc < 1:3528218/150‑1 (MQ=255) c‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCg < 1:8113014/150‑1 (MQ=255) ggggAGGCCTACCGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCgg > 2:5762367/1‑150 (MQ=255) ggggAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCgg > 1:1745319/1‑150 (MQ=255) gggAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGc < 1:6556873/150‑1 (MQ=255) aGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTg > 2:1713581/1‑150 (MQ=255) ggCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 2:7009768/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 1:7852866/150‑1 (MQ=255) gCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGtt > 2:6818931/1‑66 (MQ=255) ccGGTCGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTGGGCGGTGAGATGGGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgaga < 1:887288/150‑1 (MQ=255) ccGGTAGGCC‑TCCCCGCGTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGGTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgaga > 2:1292340/1‑150 (MQ=255) cGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGAc > 1:3103590/1‑150 (MQ=255) | AGTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCC‑TCCCCGCTTTG‑T‑TTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGAC > NC_002947/524028‑524323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |