| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 541,387 | G→C | 10.9% | V1254V (GTG→GTC) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 541,387 | 0 | G | C | 10.9% | 1119.2 / 101.8 | 357 | V1254V (GTG→GTC) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (166/152); new base C (30/9); total (196/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
GCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGA > NC_002947/541238‑541536 | ccAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTtggtgg > 2:333027/1‑150 (MQ=255) cAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGga < 2:6917330/150‑1 (MQ=255) aaGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGgac > 1:4100866/1‑150 (MQ=255) gcgAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGa < 1:7936608/150‑1 (MQ=255) aTCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACCAGATGCAc > 1:8134325/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAcg > 1:1408942/1‑150 (MQ=255) aaGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAcgcg > 1:2715315/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTc > 1:3100704/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTc > 2:1618243/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTcc < 1:5821443/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTcc > 1:909484/1‑150 (MQ=255) tGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCt > 2:7062635/1‑150 (MQ=255) ggCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTa > 1:153387/1‑150 (MQ=255) gCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTAc > 2:4325793/1‑150 (MQ=255) ccGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACa < 1:7793650/150‑1 (MQ=255) cGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAg > 1:7838137/1‑150 (MQ=255) ccTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGATCCTACAGCCt < 2:6400471/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTg < 1:6371043/150‑1 (MQ=255) 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gagagCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTAcc < 2:4184893/150‑1 (MQ=255) ggCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCcagcag > 1:4202183/1‑150 (MQ=255) ccAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGcc > 2:1929951/1‑150 (MQ=255) tGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTgg < 2:6671906/150‑1 (MQ=255) tGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTgg < 1:313610/150‑1 (MQ=255) 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catgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGTACGACAAGATGCATGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATa > 1:5215450/1‑150 (MQ=255) catgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATa > 1:1093347/1‑150 (MQ=255) atgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATAc < 1:7126917/150‑1 (MQ=255) tgttgaaGCTCCACCACCTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATatg > 1:5899655/6‑148 (MQ=255) tgttgaaGCTCCACCACCTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATatg < 2:2047417/145‑3 (MQ=255) gttgaaGCTCCACCACCTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATgg > 1:1851097/5‑150 (MQ=255) gCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACgg > 1:3525531/1‑150 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGgcg > 2:6212359/1‑150 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGgcg > 1:8596923/1‑150 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGgcg > 1:4590156/1‑150 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGgcg > 1:3785451/1‑150 (MQ=255) gaaGCTCCACCACCTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGgtgc > 2:5627588/2‑150 (MQ=255) gctccaccaccTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGc > 1:6668459/6‑150 (MQ=255) gCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGc > 1:2329316/1‑150 (MQ=255) cTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCa < 2:7598823/150‑1 (MQ=255) ccaccaccTGGTCGACGACAAGATCCATGCTCGTTCGATCGGACCTTACTCGCTCGTCACCCAGCAGCCGCTCGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGCTTCGGCGAAATGGAGGTCTGGGCTCTGGAAGCATATGGTGCGGCTTa > 1:6919217/3‑150 (MQ=255) aaCCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATac > 2:3819474/1‑150 (MQ=255) aCCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCAGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATaca > 1:386950/1‑150 (MQ=255) ccACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATacac > 1:2228825/1‑150 (MQ=255) ccACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATaatg > 2:1145505/1‑147 (MQ=255) aCTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACAccc > 2:523836/1‑150 (MQ=255) cTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCt < 1:4019349/150‑1 (MQ=255) ttGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTgg > 1:825199/1‑124 (MQ=255) gtggACGACAAGATGCACGCGCGTTGCACTGGTTCCTACCGCCTGGTTACCCATCAGCCGCTGGGTGGTTAGGCGCAGTTCTGTGGTCAGCTTTTCGGTGATATGGAAGTGTGGGATCTGGAAGCATACGGCGCTGCATACACCCTGCaa < 2:6193874/150‑1 (MQ=255) tggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAg > 1:2516907/1‑150 (MQ=255) ggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGa > 1:3338990/1‑150 (MQ=255) ggACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGa > 1:8818331/1‑150 (MQ=255) | GCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGA > NC_002947/541238‑541536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |