Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 541,432 | T→C | 10.7% | V1269V (GTT→GTC) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 541,432 | 0 | T | C | 10.7% | 1167.0 / 94.8 | 413 | V1269V (GTT→GTC) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (198/169); new base C (34/10); total (234/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 |
Only 100 of 424 total aligned reads displayed.
CCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGAT > NC_002947/541283‑541581 | agagagCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTAc > 2:3391604/1‑150 (MQ=255) agagagCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTAc > 2:5219657/1‑150 (MQ=255) gagagCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTAcc < 2:4184893/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |