Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 542,543 | C→T | 11.9% | F260F (TTC→TTT) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 542,543 | 0 | C | T | 11.9% | 752.6 / 72.4 | 277 | F260F (TTC→TTT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (128/116); new base T (14/19); total (142/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
AACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGG > NC_002947/542396‑542692 | aaCCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTcgc < 1:166270/150‑1 (MQ=255) aaCCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTCcgc > 1:5323894/1‑150 (MQ=255) aCCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTcgcg > 2:4581914/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 1:6550821/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 2:6835189/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 2:103785/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 2:4175380/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 1:1054040/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 2:1501099/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGAc > 2:2238502/1‑150 (MQ=255) aaGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACt > 2:8935444/1‑150 (MQ=255) gaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCt > 1:5147621/1‑150 (MQ=255) gaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCt > 1:2100589/1‑150 (MQ=255) tCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGAc < 2:2361185/150‑1 (MQ=255) cGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTAt < 2:1672345/150‑1 (MQ=255) gTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATc < 2:6585359/150‑1 (MQ=255) aaGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCgg < 1:295401/150‑1 (MQ=255) gCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGt < 1:64765/150‑1 (MQ=255) 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cAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAgcg > 2:1394283/1‑150 (MQ=255) cctgcctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCct > 2:8557185/1‑150 (MQ=255) ctgcctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCctg < 2:2775499/150‑1 (MQ=255) cctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCctgctg < 2:8526707/150‑1 (MQ=255) ctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTgg > 2:7327514/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |