| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 542,678 | T→G | 16.0% | A305A (GCT→GCG) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 542,678 | 0 | T | G | 16.0% | 825.2 / 138.7 | 318 | A305A (GCT→GCG) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (126/141); new base G (30/21); total (156/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAAT > NC_002947/542529‑542827 | gATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAATCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGct > 1:6137713/1‑150 (MQ=255) gtggCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTctgc > 2:3527932/1‑150 (MQ=255) ggCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTctgctg < 1:1235232/150‑1 (MQ=255) tCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACg < 1:1774589/150‑1 (MQ=255) cgcgACGTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACgg < 1:4175380/150‑1 (MQ=255) gcgACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGTACAACGGc > 2:4963647/1‑150 (MQ=255) gcgACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGc > 2:8347613/1‑150 (MQ=255) aCTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCcgt > 2:4568946/1‑150 (MQ=255) ttCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCcgtcg > 1:2128703/1‑150 (MQ=255) ccGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTg < 1:1501099/150‑1 (MQ=255) ccGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTg < 1:3518339/150‑1 (MQ=255) cTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTcgc > 2:2877039/1‑150 (MQ=255) gAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCgcgc > 2:5675795/1‑150 (MQ=255) aaCGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGTCTTATTGAACTGCGCGCTCCTGGCATCATTATCCGTAACGAAAAGCGTATGTTGCAGGAAGCTGTTGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCcgcgtc > 2:7373755/1‑148 (MQ=255) cGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCAt > 2:5629015/1‑150 (MQ=255) tATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGc < 2:7623234/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTc > 1:4934779/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGa > 2:8741528/1‑150 (MQ=255) 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gctgTTGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCAACGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTTCTCGGTAAGCGCGTCGACTATTCgggt < 1:8481710/147‑2 (MQ=255) gCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGc < 1:7114215/150‑1 (MQ=255) tgTTGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTTCTCGGTAAGCGCGTCGACTATTCGGGTCg > 1:5725960/2‑150 (MQ=255) ttGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGtt < 2:6527336/150‑1 (MQ=255) ttGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGtt < 2:6137713/150‑1 (MQ=255) ttGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAggg < 2:7229956/100‑1 (MQ=255) ttGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTTCTCGGTAAGCGCGTCGACTATTCGGGTCGtt < 2:430444/150‑1 (MQ=255) gACGCTCGGCTGGACAACGGCCGTCGGGGTCGCGCCATCACGGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCGGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACGCCTCCGGCCGTTCg < 2:2378843/150‑1 (MQ=255) aCGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCgg > 2:3008415/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTTCTCGGTAAGCGCGTCGACTATTCGGGTCGTTCgg < 1:7373755/150‑1 (MQ=255) aCGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTTCTCGGTAAGCGCGTCGACTATTCGGGTCGTTCgg > 2:5938330/1‑150 (MQ=255) | GATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAAT > NC_002947/542529‑542827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |