| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 542,768 | A→G | 7.7% | Q335Q (CAA→CAG) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 542,768 | 0 | A | G | 7.7% | 907.0 / 41.7 | 297 | Q335Q (CAA→CAG) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (127/146); new base G (17/6); total (144/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
TCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATGGCCCTCGAGCTGTTCAAGCCGTTCATTTTCGGCAAGCT > NC_002947/542619‑542917 | tCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCaa > 1:7150455/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAg < 2:9009974/150‑1 (MQ=255) gcCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCg > 1:2044727/1‑150 (MQ=255) ggACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGttt < 2:3545630/150‑1 (MQ=255) ggACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGttt > 1:7465313/1‑150 (MQ=255) aCATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTcc < 1:2421341/150‑1 (MQ=255) aCATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTcc < 2:4882724/150‑1 (MQ=255) aCATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTcc < 1:692116/150‑1 (MQ=255) catcGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCa > 1:2621674/1‑150 (MQ=255) tcGTGCGCAACGAACAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGa < 1:8273709/150‑1 (MQ=255) tcGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACACGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGa > 2:7463517/1‑150 (MQ=255) tcGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGa < 1:563297/150‑1 (MQ=255) gTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAAc < 2:2826342/150‑1 (MQ=255) gcgcAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACtt < 1:3434447/150‑1 (MQ=255) gtaaCGAAAAGCGTATGTTGCAGGAAGCTGTTGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAAccttc > 2:1789200/3‑146 (MQ=255) gcAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGc > 1:6054663/1‑150 (MQ=255) gcAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGc < 1:4885186/150‑1 (MQ=255) gcAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGGAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGc < 2:6798942/150‑1 (MQ=255) cAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACCTGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCt > 2:7362854/1‑150 (MQ=255) cAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCt < 1:8719594/150‑1 (MQ=255) aaCGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTc > 2:2637960/1‑150 (MQ=255) aCGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCg < 1:3293387/150‑1 (MQ=255) aCGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCg < 1:895144/150‑1 (MQ=255) 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aaaaGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTa > 1:7010416/1‑150 (MQ=255) aaGCGTATGTTGCAGGAAGCTGTTGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTTCTCGGTAAg > 2:2983137/1‑150 (MQ=255) aGCGTATGTTGCAGGAAGCTGTTGACGCGCTGTTCGATAACGGCCGTCGTGGCCGCGTCATCACCGGTGCTAACAAGCGTCCGCTGAAGTCGCTCTCCGACATGCTCAAGGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTTCTCGGTAAGc < 1:8451096/150‑1 (MQ=255) cgcATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCgt > 1:5478175/1‑150 (MQ=255) gcATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCgtg > 2:2155089/1‑150 (MQ=255) aTGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGtt < 2:4023101/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGtt > 1:8637559/1‑150 (MQ=255) gctgcAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGa < 1:5341626/150‑1 (MQ=255) tgcAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACCAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGact > 2:6031761/1‑150 (MQ=255) tgcAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGact > 1:5092432/1‑150 (MQ=255) 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cGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATgg < 1:796218/150‑1 (MQ=255) cGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATgg < 2:9100141/150‑1 (MQ=255) gCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATGGc < 2:7150455/150‑1 (MQ=255) tGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATGGccc > 2:8595740/1‑150 (MQ=255) tGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATGGccc > 2:7877737/1‑150 (MQ=255) 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tAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATGGCCCTCGAGCTGTTCAAGCCGTTCATTTTCgg < 2:6450926/150‑1 (MQ=255) aaGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATGGCCCTCGAGCTGTTCAAGCCGTTCATTTTCGGCAAGc < 2:5183461/150‑1 (MQ=255) | TCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCTGGACAACGGCCGTCGTGGTCGCGCCATCACTGGCTCGAACAAGCGTCCGCTGAAGTCCCTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAAGGTCGTTTCCGTCAGAACTTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGCCGTTCGGTAATTACCGTAGGTCCGACCCTGCGTCTGCACCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAGATGGCCCTCGAGCTGTTCAAGCCGTTCATTTTCGGCAAGCT > NC_002947/542619‑542917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |